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启动子串联及改造提高FAD为辅基的葡萄糖脱氢酶在Bacillus subtilis中的表达

2019-05-07张玲林荣宋祖坤王男杨海麟

食品与发酵工业 2019年8期
关键词:菌体质粒产物

张玲,林荣,宋祖坤,王男,杨海麟*

1(江南大学,工业生物技术教育部重点实验室,江苏 无锡, 214122) 2(苏州盛迪亚生物医药有限公司,江苏 苏州, 215000)

葡萄糖氧化酶(glucose oxidase,GOD)被广泛应用于血糖指标的临床生化检测。近些年发现葡萄糖脱氢酶(glucose dehydrogenase,GDH)具有替代葡萄糖氧化酶的应用潜力,因其不以氧气为电子受体,不受溶解氧的限制,检测结果误差更小[1-2]。葡萄糖脱氢酶按照辅基或辅酶差异可分为[3]:(1)以烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(hicotinamide adenine dinucleotide, NAD(P)+)为辅酶的葡萄糖脱氢酶(NAD(P)-GDH,EC 1.1.1.47)。(2)以吡咯并喹啉醌(pyvrolidine quinoline quinone, PQQ)为辅基的葡萄糖脱氢酶(PQQ-GDH,EC 1.1.5.2)。(3)以黄素腺嘌呤二核苷酸(flavin adenine dinucleotide,FAD)为辅基的葡萄糖脱氢酶(FAD-GDH,EC 1.1.99.10)。其中FAD-GDH以辅基结合紧密,催化效率较高,可作为替代目前诊断用葡萄糖氧化酶的首选。

具有活性的FAD-GDH可能为单体[4]或同源二聚体[5]。FAD-GDH主要来源于丝状真菌[6],如:Penicilliumsp.[7],Mucorsp.[8],Aspergillussp.[9-10],Glomerellacingulata[11]等,重组表达和纯化较为困难。来源于Glomerellacingulata的FAD-GDH在E.coli中重组表达,常常需要与分子伴侣系统共表达才能实现可溶性表达,蛋白纯化和放大生产较为困难[11]。在酵母菌中表达量较高,但存在糖基化修饰,会干扰血糖检测电极的灵敏度,实际生产应用中需进行酶的去糖基化步骤[12]。

FAD-GDH罕见于细菌。本团队先前尝试将来源于细菌Burkholderiacepacia的FAD-GDH基因(gdh)在大肠杆菌中表达,该酶热稳定性好,Tm值可达77 ℃。为了探索该基因在其他宿主的表达情况,本文尝试将来源于原核Burkholderiacepacia的gdh基因在枯草芽孢杆菌表达系统中表达。枯草芽孢杆菌作为表达宿主,遗传背景清楚,对培养基要求较低,生长快速,不产内毒素,适用于原核生物来源重组蛋白的分泌表达。

筛选高效的启动子可实现外源基因在枯草芽孢杆菌中高效表达。启动子依据是否需要诱导分为:(1)组成型启动子,如P43,PHpaⅡ,PamyQ’;(2)诱导型启动子,如Popuaa,Pgsib。组成型的启动子能在菌体内持续进行基因表达,受环境因素的影响较少,或变化很小。诱导型启动子在诱导因子存在下,相应的基因被激活,基因表达,积累目的产物[13]。许多研究表明双启动子相比单启动子更能促进外源基因的表达。重组菌株B.subtilisCCTCCM 2016536用于表达β-环糊精糖基转移酶,双启动子PHpaⅡ-PamyQ’表达系统的表达量是单个启动子PamyQ’表达系统表达量的1.3倍,主要由于双启动子下外源基因转录水平高于单启动子[14]。启动子PAmyR2和启动子Pblma分别插入PHpaII启动子的下游,4-α-葡聚糖转移酶的表达量和单启动子PHpaII比较分别提高11、12倍[15]。双启动子PHpaII-PgsiB表达氨肽酶分别是单个PHpaII和PgsiB启动子表达的2.3和2.2倍[16]。

将启动子突变改造也是提高枯草芽孢杆菌产物积累的有效办法。碳源代谢在菌体发酵过程中占有重要地位,表达外源产物的过程中碳代谢产物例如葡萄糖等,会对目的产物的生成产生抑制作用,即碳代谢产物抑制(carbon catabolite repression,CCR),这种抑制作用主要是通过碳代谢控制蛋白A (carbon catabolite protein A,CcpA) 复合物结合到启动子区域的cre位点抑制转录[17]。cre位点的突变可有效地减少CcpA介导的碳代谢抑制作用。NICHOLSON等通过随机突变筛选得到抗碳代谢产物的淀粉酶生产菌株,经过测序发现amyE启动子的cre序列中GC碱基突变成AT[18]。NAGARAJAN等克隆来自高产淀粉酶的BacillussubtilisKCC103菌株的启动子amyR4,该启动子能够有效地抵抗碳代谢产物的抑制,实现异源蛋白的高效表达,序列研究表明启动子转录起始位点上游cre序列中+4(C-T),-7(T-A)碱基发生突变[19]。

本研究尝试将Burkholderiacepacia的FAD-GDH基因(gdh)在蛋白酶缺陷型菌株B.subtilisWB600中进行表达,通过启动子筛选、串联及改造等策略,以期获得FAD-GDH高表达量。

1 材料与方法

1.1 材料与试剂

1.1.1 菌株

葡萄糖脱氢酶基因(gdh)由南京金斯瑞合成,构建于载体pUC57;E.coliJM109,B.subtilis168,B.subtilisWB600菌株由实验室保存(表1)。

1.1.2 主要试剂

限制性内切酶、T4 DNA连接酶、rTaq DNA聚合酶、蛋白质Low Marker、DNA Marker均购自大连宝生物有限公司;PCR产物回收试剂盒;DNA凝胶回收试剂盒购自上海生工股份有限公司;其他所用试剂均购于国药集团药业股份有限公司。

1.1.3 培养基及缓冲液

(1) LB培养基(g/L):酵母粉5.0,蛋白胨10.0,NaCl 5.0,加入2%(质量分数)的琼脂即为LB固体培养基。(2) TB培养基(g/L):甘油4.0,酵母粉24.0,蛋白胨12.0,溶解在800 mL去离子水中,高压灭菌后冷却至40 ℃加入200 mL灭菌的缓冲液(K2HPO416.4 g,KH2PO42.32 g,溶解于去离子水中,定容至200 mL,0.22 μm的滤膜过滤除菌或高压灭菌)。(3) 抗 生素溶液:先配置成质量浓度为100 mg/mL的母液,然后用0.22 μm的滤膜过滤除菌,用小的EP管分装,置于-20 ℃ 保存。(4) 磷酸钾缓冲液(phospate buffered,PB,50 mmol/L, pH 7.0):取86 mL的0.1 mol/L K2HPO4,加入14 mL的0.1 mol/L KH2PO4,再加入100 mL水,调节pH至7.0。

1.2 方法

1.2.1 重组质粒pMA5-1的构建

以质粒pUC57-gdh为模板进行PCR扩增,引入BamHⅠ/MluⅠ位点,扩增产物回收双酶切,与同样双酶切的质粒pMA5连接,构建表达质粒pMA5-1。

1.2.2 串联启动子重组质粒的构建

以B.subtilis168的DNA为模板,利用引物PamyQ’-F/PamyQ’-R,P43-F/P43-R,PgsiB-F/PgsiB-R, Popuaa-F/ Popuaa-R,分别PCR扩增相应的启动子序列,同时引入NdeⅠ/MluⅠ位点,双酶切启动子序列与同样双酶切的质粒pMA5-1连接,构建双启动子质粒pMA5-1n(表2)。

1.2.3 培养方法

种子液的制备:从卡纳抗性的固体培养基上,挑取重组菌B.subtilis单菌落,接种到LB液体培养基,37 ℃,200 r/min摇床培养8 h。

表2 实验所用引物Table 2 Oligonucleotides used in this study

摇瓶发酵培养:以体积分数4%转接种子液于发酵培养基中,30 ℃,220 r/min,培养48 h。

1.2.4 菌体生物量测定

取20 mL不同浓度的菌液,8 000 r/min离心10 min, 用pH 7.0,50 mmol/L的PB缓冲液清洗2次,测定湿重,105 ℃烘干至恒定值,称取干重。菌体湿重约是干重的3.8倍。

1.2.5 葡萄糖脱氢酶酶活测定及SDS-PAGE分析

酶活定义:在一定条件下,每分钟还原1 μmol DCPIP所需的酶量定义为一个酶活单位。

取100 μL适当稀释的酶液,加入3 mL显色液(50 mmol/L pH 7.0的PB缓冲液, 0.03 mmol/L的DCPIP,1.6 mmol/L的PMS,100 mmol/L的葡萄糖溶液)轻轻混匀,用重蒸水调零,37 ℃每隔1 min记录600 nm处吸光值的变化,共记录2~3 min。

用酶的缓冲液代替酶液作为对照。

采用5%的浓缩胶与15%的分离胶,pH 8.3的Tris-Gly电泳缓冲液,90 V恒压,将剥离电泳后的胶,染色,脱色。胶的具体配置操作方法参照SDS-PAGE试剂盒。

1.2.6 基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱分析

样品处理:(1)用刀片切下胶上目标条带,放入离心管中;(2)加入400 μL脱色液脱色,清洗至透明,去除上清,冻干或加50 μL乙腈,放置5 min,去除乙腈,重复1次,晾干,胶粒应为白色;(3)加入90 μL 100 mmol/L NH4HCO3,10 μL 100 mmol/L DTT,56 ℃ 放置30 min; (4)去上清,加100 μL 100%乙腈,5 min后吸去;(5)加入70 μL 100 mmol/L NH4HCO3,30 μL 200 mmol/L IAA,暗处理20 min;(6)去上清,加入100 μL 100 mmol/L NH4HCO3,室温放置15 min;(7)去上清,加入100 μL 100%乙腈,5 min后吸去,冻干或加50 μL乙腈,放置5 min,去除乙腈,重复1次,晾干,胶粒应为白色;(8)加入6 μL酶液,4 ℃放置30~60 min,使胶块充分吸涨;(9)加入20 μL 25 mmol/L NH4HCO3缓冲液,37 ℃放置20 h左右;(10)取0.6 μL酶解液点样,自然晾干,覆盖0.6 μL基质,晾干。进行上机质谱分析,并将得到的结果导入NCBI网站比对。

2 结果与分析

2.1 重组质粒pMA5-1的构建表达及蛋白质谱鉴定

将gdh基因构建到pMA5上转入B.subtilis,研究是否能够表达具有活性的FAD-GDH。将pMA5-1转化E.coliJM109,经过氨苄抗性平板筛选,从阳性转化子中提取质粒,利用BamHⅠ和MluⅠ双酶切电泳验证,验证结果如图1,凝胶电泳条带与目的基因大小一致,并将验证正确的基因测序,与目的序列比对,结果表明构建成功。

M-DNA marker;1-pMA5-1双酶切产物图1 pMA5-1双酶切验证Fig.1 Identification of pMA5-1 by restriction digestion

将构建成功的质粒pMA5-1转入B.subtilis感受态WB600,从含有卡纳抗性的平板上挑选阳性克隆,获得重组菌株WB1,将获得的重组菌摇瓶发酵培养48 h,菌体离心收集,细胞破碎,上清离心,测得酶活为962 U/L,并将离心获得的上清取30 μL,加入10 μL 4×SDS-PAGE的上样缓冲液,煮沸10 min,进行SDS-PAGE检测,结果见图2,由于空白对照处也存在一条60 kDa的条带,所以将WB1破壁上清SDS-PAGE图谱中60 kDa处的条带切胶回收,进行飞行质谱分析,比对结果显示与目的条带匹配度最高的为来源于Burkholderiacepacia的葡萄糖脱氢酶,分子质量60 kDa,进一步表明FAD-GDH在B.subtilisWB600中表达成功。

M-蛋白质marker;1-对照;WB0-破壁上清;2-WB1破壁上清图2 B. subtilis表达FAD-GDH SDS-PAGE鉴定Fig.2 SDS-PAGE identification of B. subtilis expression FAD-GDH

2.2 串联启动子提高FAD-GDH的表达

采用双启动子串联策略来提高FAD-GDH的表达量,本文选取的启动子见表3。启动子PHpaⅡ是质粒pMA5上自带的启动子,本文选取其他4种启动子串联在PHpaⅡ下游构建含有双启动子。其中PamyQ’和P43为组成型的启动子,具有强启动性、无需添加诱导剂可直接产生目的蛋白的优势;PgsiB和Popuaa为盐诱导型启动子,受盐浓度激活调控目的蛋白大量产生的特点。4种双启动子表达质粒pMA5-11(PHpaII-PamyQ’),pMA5-12(PHpaII-P43),pMA5-13(PHpaII-PgsiB),pMA5-14(PHpaII-Popuaa)构建流程见图3。

以B.subtilis168基因组为模板进行PCR扩增相应的启动子序列,扩增产物回收双酶切插入启动子PHpaII的下游,分别获得重组质粒pMA5-11,pMA5-12,pMA5-13,pMA5-14。利用NdeⅠ和MluⅠ双酶切电泳验证,验证结果如图4,并将验证正确的基因测序,与目的序列比对,比对结果表明构建成功。

分别将构建成功的质粒pMA5-11,pMA5-12,pMA5-13,pMA5-14,转化感受态B.subtilisWB600,从含有卡纳抗性的平板上挑选阳性克隆,获得菌株WB11,WB12,WB13,WB14,以及含有单启动子PHpaⅡ的重组菌WB1,将获得的上述重组菌与含有单启动子PHpaⅡ的重组菌WB1分别摇瓶发酵培养48 h,菌体离心收集,细胞破碎。

表3 本文所构建的来源于B. subtilis的启动子Table 3 The promoter from B. subtilis used in this study

图3 串联启动子载体pMA5-1n的构建流程Fig.3 Construction procedure of double promoter vector pMA5-1n

不同启动子的强度通过测定菌体胞内酶活来衡量。PamyQ’和P43为组成型的启动子[21-23],PgsiB和Popuaa为盐诱导型启动子[24-26],受盐浓度激活,可利用质量浓度为4 g/L的NaCl进行诱导表达。含单启动子PHpaⅡ重组菌株WB1及4种双启动子重组菌WB11,WB12,WB13,WB14的胞内酶活分别为924、2 497、 578、740、878 U/L(图5-a)。其中含有组成型启动子PamyQ’的双启动子重组菌WB11 (PHpaⅡ-PamyQ’)胞内酶活最高,约是酶活最低的重组菌株WB12的4倍,是单启动子PHpaⅡ表达FAD-GDH酶活的2.7倍。分别取30 μL上述离心获得的上清加入10 μL 4×的上样缓冲液,煮沸10 min,进行SDS-PAGE检测,结果见图5-b, 重组菌发酵液在60 kDa处都有目的蛋白产生。

M-DNA marker;1-pMA5-11双酶切产物;2- pMA5-12双酶切产物;3-pMA5-13双酶切产物;4-pMA5-14双酶切产物图4 双启动子载体pMA5-1n双酶切验证Fig.4 Identification of double promoter vector pMA5-1n by restriction digestion

a-含双启动子重组B.subtilis产FAD-GDH的酯活水平和菌体量;b-含双启动子重组B.subtilis表达FAD-GDH的SDS-PAGE鉴定M-蛋白质marker;1-WB1破壁上清;2-WB11破壁上清;3-WB12破壁上清;4-WB13破壁上清;5-WB14破壁上清图5 双启动子表达FAD-GDH结果及SDS-PAGE鉴定Fig.5 Result of double promoter expression FAD-GDH and SDS-PAGE identification

2.3 删除启动子PamyQ’上cre位点促进FAD-GDH的发酵产酶

上述研究中表明最佳的串联双启动子PHpaII-PamyQ’使酶活提高到2 497 U/L,具有促进该酶表达的效果,但有研究表明PamyQ’启动子在发酵过程中会受到葡萄糖浓度的抑制,随着葡萄糖浓度的增加会明显抑制产酶[14]。本研究先考察葡萄糖是否会严重抑制串联启动子PamyQ’突变菌株的发酵产酶。比较不同浓度的葡萄糖和甘油条件下该突菌变株的发酵产酶情况。

将改造前重组菌WB11(含有双启动子PHpaII-PamyQ’)发酵培养48 h,收集菌体,酶活验证是否存在碳代谢产物抑制效应。结果如图6,通过测定酶活检测FAD-GDH的表达情况,随着培养基碳源的葡萄糖或甘油浓度的增加,菌体量上升,酶活逐渐下降。未添加葡萄糖,菌体胞内酶活是添加30 g/L的葡萄糖培养菌体胞内酶活的1.5倍;当未添加甘油,胞内酶活是添加3%(体积分数)的甘油胞内酶活的2倍,说明串联启动子PamyQ’后碳源浓度增加会抑制产酶。

a-不同质量浓度葡萄糖对改造前后重组菌产酶的影响;b-不同体积分数甘油对改造前后重组菌产酶的影响图6 改造前后重组菌产FAD-GDH水平及菌体生长情况Fig.6 FAD-GDH expression and cell growth of reconstituted bacteria before and after transformation

枯草芽孢杆菌中,碳代谢产物的抑制效应主要是通过碳代谢控制蛋白CcpA,结合到启动子区域的cre位点抑制转录。cre位点是一段含有回文结构,存在一些碱基保守的序列。CcpA如何与多样的cre位点结合,具体的机制还不清楚,但改造和移除该位点可有效减少碳代谢的抑制[18-19]。

为了减少碳代谢产物的抑制效应,基于双启动子PHpaII-PamyQ’,通过重叠延伸PCR[27]移除PamyQ’启动子中14个核苷酸的cre位点,构建双启动子PHpaII-PamyQ2,转入B.subtilisWB600,构建WB2重组菌,发酵培养基添加30 g/L的葡萄糖,菌体胞内酶活力达3 626 U/L, 约是启动子改造前添加30 g/L的葡萄糖菌体胞内酶活的2.2倍。如图7-b重组菌株WB2发酵培养基中添加2%(体积分数)的甘油菌体胞内酶活力达3 119 U/L,是改造之前重组菌株WB11添加2%的甘油菌体胞内酶活的2.1倍。重组菌株WB111发酵培养中添加3%的甘油胞内酶活比添加2%的甘油有所下降,可能是过多的碳源导致菌体生长过快,抑制重组蛋白表达。

为了验证改造后的重组菌WB2,培养时添加高浓度的葡萄糖是否会抑制FAD-GDH的表达,向培养基中分别添加40、50、60、70 g/L的葡萄糖,测定破碎菌体上清中的酶活及菌体干重,结果如图7,随着葡萄糖浓度的上升,菌体干重趋于稳定,可能是菌体生长受到溶解氧浓度的限制,胞内酶活随着葡萄糖浓度上升而下降,过快的生长速度导致质粒丢失。培养基添加30~40 g/L的葡萄糖,一定程度上促进菌体生长及酶的表达,删去启动子PamyQ’的cre位点可减少碳源代谢产物对基因转录的抑制,促进外源基因表达。

图7 高浓度葡萄糖对改造后重组菌WB2生长及FAD-GDH表达的影响Fig.7 FAD-GDH expression and cell growth of recombinant WB2 with more glucose

3 结论

构建含有单启动子PHpaⅡ的重组质粒pMA5-1,转入B.subtilis,测定酶活及飞行时间质谱鉴定表明重组菌表达了具有活性的FAD-GDH。分别选取2种组成型启动子(PHpaⅡ-PamyQ’,PHpaⅡ-P43)和两种盐诱导型启动子(PHpaⅡ-PgsiB,PHpaⅡ-Popuaa)串联成双启动子分别表达FAD-GDH,含组成型双启动子PHpaⅡ-PamyQ’的重组B.subtilis,胞内表达量最高为2 497 U/L,PHpaⅡ-PamyQ’双启动子表达强度增加可能是由于转录强度增加。本实验中采用的其他双启动子表达FAD-GDH的活性低于单启动子,可能是启动子之间的排列顺序会影响启动之间的相互作用,靠近异源基因的启动子可能会更大程度地影响外源基因的表达[28]。在PHapII与gdh基因之间插入不同的启动子后,其RBS也被随之替换为新插入启动子的RBS,因此酶活性的变化也很有可能是由于翻译强度的变化引起的。

发酵过程中,发现葡萄糖和甘油会抑制串联启动子PamyQ’突变株的发酵产酶,存在碳代谢产物抑制效应。为了减少发酵中的碳代谢抑制,采取删去PamyQ’启动子中与碳代谢阻遏因子结合的cre位点,构建的含有缺失cre位点的双启动子PHpaⅡ-PamyQ2重组B.subtilis,使FAD-GDH酶活从2 497 U/L提高到3 626 U/L, 说明启动子PamyQ’中cre位点的删除有效地减少了碳源代谢产物对基因转录的抑制,促进外源基因表达。

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