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二代测序技术在儿童T淋巴母细胞淋巴瘤全外显子测序中的应用

2018-12-13姚新原温贤浩肖剑文

分子影像学杂志 2018年4期
关键词:基因突变检测

姚新原,温贤浩,宪 莹,朱 进,肖剑文,3

1重庆医科大学附属儿童医院血液肿瘤中心;2儿童发育疾病研究教育部重点实验室;3儿科学重庆市重点实验室,重庆 400014

T细胞性淋巴母细胞淋巴瘤(T-LBL)和T细胞性急性淋巴细胞白血病(T-ALL)均是起源于不成熟前体T淋巴细胞的恶性肿瘤,一般以骨髓原始及幼稚淋巴细胞≥25%诊断T-ALL,而<25%或骨髓未受累诊断T-LBL[1]。各种理化、遗传因素引发的DNA损伤所导致的体细胞突变是T-LBL发病的重要因素及肿瘤细胞的特异性标记,文献报道体细胞突变的肿瘤标记(如NOTCH1、FBXW7等)与T-ALL及T-LBL预后相关[2-3]。既往多采用PCR扩增后一代测序(Sanger测序)技术检测肿瘤基因突变,但检测到的基因突变种类且灵敏度不高[2]。全外显子组是致病突变最为集中的区域,因此在T-LBL患儿样本中开展全外显子测序(WES)检测肿瘤细胞存在的基因突变,可以一次性检测到目前全部已知的肿瘤基因突变,也可用于定期随访其治疗后特异性肿瘤基因突变水平和残留病灶监测[4],对于T-LBL治疗具有重大指导意义。但如果采用常规的Sanger测序技术进行WES测序费用高且耗时长,根本不能应用于临床诊疗。二代测序技术(NGS)大幅度提高了外显子组测序的速度和测序量而检测费用显著降低,使得肿瘤患者组织标本的常规WES检测成为可能[5]。

T-ALL患儿可采集骨髓标本提取基因组DNA进行NGS测序检查,而T-LBL病理标本多采用福尔马林固定后石蜡包埋保存,故难以获得新鲜肿瘤组织提取基因组DNA进行NGS检测,尤其是已经保存较长时间的样本基因组DNA存在不同程度的降解,更是增加了检测难度。……

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