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基于YAP流水线的影像组学研究流程的实现

2018-10-08李冬宝宋阳罗庆谢海滨杨光

磁共振成像 2018年7期
关键词:特征研究

李冬宝,宋阳,罗庆,谢海滨,2*,杨光,2*

作者单位:

1. 华东师范大学物理与材料科学学院,上海市磁共振重点实验室,上海200062

2. 上海康达卡勒幅医疗科技有限公司,上海 200062

医疗影像是临床诊断中的重要工具,可以无创地提供患者信息来辅助临床医师进行诊断。影像组学是[1-2]是一种常见的将影像和临床诊断相关联的方法,通过对大量的医学图像进行分析得到隐含的图像特征数据,并对特征数据与临床诊断进行关联分析,从而建立从图像到临床诊断的模型。该模型可以用于分析医学影像,辅助医师进行临床诊断、术后干预等。相较于活体组织检查,它不会对人体产生身体或心理上的伤害。磁共振成像作为临床中常用的检测方法,多角度、多参数、多序列成像,具有较高的软组织对比度,不会造成放射性和侵入性的伤害,可以提供丰富的临床特征,经常用于影像组学研究[3-5]。

又一条流水线(yet another pipeline,YAP)是一个医学图像重建与后处理的开发框架[6],采用基于接口的设计,可以通过插件对系统进行扩展。YAP具有以下特点:(1)处理模块支持多个输入输出端口,流水线支持分支结构;(2)提供了参数管理,可以向处理模块传递伴随数据的参数,也可以在模块间传递参数;(3)支持灵活多样的数据组织形式。此外,YAP还提供了基本的核心部件、基础磁共振图像处理插件库、接口实现和使用的帮助类等。

由于影像组学很多开发工具是基于Python语言开发的,为了方便在YAP中搭建影像组学流水线,本研究为YAP增加了Python语言的支持,允许使用Python编写流水线中的处理模块,方便了算法的研究;……

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