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2016~2017年辽宁地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查及全基因组进化分析

2018-08-25申贯男王宏燕杨洺扬

现代畜牧兽医 2018年7期
关键词:分析检测

梁 乔,张 健 ,申贯男,王宏燕,关 淼,杨洺扬,李 蓉

(1.辽宁省动物疫病预防控制中心,辽宁 沈阳 110164;2.辽宁省动物医学研究院,辽宁 沈阳 110164)

猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)隶属圆环病毒科,在1974年被当作猪肾细胞中的一种污染物被发现,PCV1和PCV2是PCV的两种血清型,PCV1不具有致病性,在正常猪或养殖野猪身上均可存在,PCV2有致病性,是断奶仔猪多系统衰竭综合征(Post-weaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的原发病原[1-3]。自从PCV2在1998年被发现后,这种具有有限的编码能力的单链DNA病毒便被作为重要的猪流行病病原之一[4],该病毒的长度是1.7 kb左右,严重的PCV2感染引起的典型特征是腹股沟淋巴结肿大。PCV2基因组中有一个高度保守的茎环结构,在单链DNA病毒中感染真核生物[5]。通过不同基因型的患病率调查显示,PCV2具有较高的变异性,目前已确定的是5种基因型从PCV2a-PCV2e,其中PCV2b和PCV2d是检出最多的两种基因型[6]。

本研究通过对2016年辽宁省14个市采集的1 580份屠宰场样本和2017年采集的1 850份屠宰场样本进行荧光定量PCR检测,分析PCV2在辽宁地区的流行情况,并对7株PCV2分离株进行全基因组扩增并通过测序进行生物信息学分析。

1 材料与方法

1.1 样品来源采集屠宰场猪组织样品,主要包括颌下淋巴结、肝脏、肺脏、脾脏、扁桃体等。

1.2 主要试剂病毒核酸提取试剂盒(磁珠法),购自苏州天隆生物科技有限公司;猪圆环病毒2型荧光PCR检测试剂盒(TaqMan探针法),购自中山大学达安基因股份有限公司。EX Taq DNA聚合酶(5 U/μL)、dNTP(2.5 mmol/L)、溴化乙锭、DL 2000 DNA Marker、三羟甲基氨基甲烷一乙酸电泳缓冲液购自宝生物工程(大连)有限公司。

1.3 病料DNA的提取

1.3.1 用无菌……

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