刘月丽，覃锡忠，贺三刚，李文蓉，王 悦，贾振红，刘明军

LIU Yueli1,QIN Xizhong1,HE Sangang2,LI Wenrong2,WANG Yue1,JIAZhenhong1,LIU Mingjun2

1.新疆大学 信息科学与工程学院，乌鲁木齐 830046

2.新疆畜牧科学院 生物技术研究所，农业部草食家畜繁育生物技术重点开放实验室，新疆维吾尔自治区动物生物技术重点实验室，乌鲁木齐 830046

1.College of Information Science and Engineering,Xinjiang University,Urumqi 830046,China

2.The Key Laboratory of Livestock Reproduction&Breed Biotechnology of MOA,The Key Laboratory of Animal Biotechnology of Xinjiang,Xinjiang Academy of Biotechnological Center,Urumqi 830046,China

1 引言

生物品种鉴别有着广泛和重要的应用价值。品种鉴别促进了对遗传信息的有效管理[1]；为育种策略的制定与实施奠定良好基础[2]；为生物品牌产品的认证提供了有效信息[3]；更为解决食品安全问题开辟了新途径[4]。在以往品种鉴别研究中少有涉及羊的种类鉴别，而我国有着饲养羊群的悠久历史，拥有丰富的羊群遗传资源，据《中国畜禽遗传资源志·羊志》记载的我国地方羊品种就达42个[5]，约占世界羊品种的5%[1]。本文将SNP位点应用于羊的品种分类。

在早期的品种鉴别研究中，利用微卫星和ALFP标记进行动物鉴别[6-7]。随着基因芯片技术的飞速发展，SNP位点渐渐用于动物品种及其副产品的鉴别中。与微卫星标记相比SNP位点的优势在于：基因分型错误率低，在基因组中分布广泛，检测速度快，易于标准化[8]。品种鉴别是对基因数据实际应用的一次探索性研究。已有的相关研究中将遗传信息与基本的数学统计方法相结合用于品种鉴别：Pfaff等人利用δ方法[9]，以两个物种间的等位基因频率绝对差为判别标准进行分类；Weir等人利用 Wright’s FST方法[10]，依赖于预先定义的两个物种间的等位基因频率的差异最大化进行判别。然而δ和Wright’s FST只可以用于两个种群的判别，并且没有清晰的统计特性定义。……