张丹丹 周延清 杨珂

摘要：基因特异性分子标记是基于基因序列中功能性单核苷酸多态性（SNP）或插入和缺失（InDels）位点开发而成，具有选择效率高、共显性、与目标基因共分离、不受遗传背景影响等优点，且与生物表型性状高度相关，在生物表型性状的鉴定中更突显出其准确性和直接性，可以准确地跟踪、定位不同遗传背景下的目标等位基因，是农作物分子标记辅助选择育种中理想的分子标记类型。对基因特异性分子标记的原理、开发及在植物育种的应用进行论述，并探讨了基因特异性分子标记的发展趋势，以期为分子标记辅助育种提供参考依据。

关键词：SNP；InDel；PCR检测；分子标记辅助育种；基因特异性分子标记

中图分类号：Q341 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2018）11-0005-05

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2018.11.001

Abstract： Gene-specific molecular markers are directly developed from functional SNPs or InDels of the gene itself. It has several advantages such as high selective efficiency， co-dominant， co-separate with the target gene， unaffected by genetic background， high correlation to trait， accuration and directness， exactly track and location of target alleles gene under different genetic background， which is an ideal molecular marker for crop marker-assisted selection breeding. The present review concerned the advances on the principle， development， application and development trend of gene-specific molecular markers， which will provide reference to the molecular assisted breeding.

Key words： SNP；InDel；PCR detection；molecular marker-assisted breeding；gene-specific markers

分子标记（Molecular marker）是以生物大分子的多态性为基础而发展起来的一种遗传标记。可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质被称为广义的分子标记，而DNA分子标记被称为狭义的分子标记[1]。DNA分子标记能够直接反映DNA分子水平上的差异，具有稳定性、成本低廉和使用简便等优点，已应用于基因组作图、基因定位、遗传多样性评价、系统进化分析和法医研究[2]、图位克隆、功能基因组学研究、转基因植物鉴定与分子标记辅助选择育种等方面[3，4]。

基因特异性标记是基于目标基因内部DNA序列多态性开发的标记，与目标基因共分离，不受遗传背景影响，与生物表型性状高度相关，在生物表型性状的鉴定中更突显出其准确性和直接性，将成为生物分子标记辅助选择育种中理想的分子标记类型[5]，已在水稻和小麦抗病基因[6-8]、油菜脂肪酸代谢基因[9，10]得到应用。……