马亚茹，冯建灿，刘崇怀，樊秀彩，孙海生，姜建福，张颖



葡萄无核性状的SSR新分子标记开发及应用

马亚茹1，冯建灿2，刘崇怀1，樊秀彩1，孙海生1，姜建福1，张颖1

（1中国农业科学院郑州果树研究所，郑州 450009；2河南农业大学园艺学院，郑州 450002）

【目的】开发葡萄无核性状的SSR新分子标记，对葡萄杂种后代进行早期无核性状鉴定，为分子标记辅助育种奠定基础。【方法】对母本‘红地球’与父本‘森田尼无核’及F1代杂交群体的133份葡萄材料进行RAD-seq，将测序结果比对到参考基因组上；运用SAMtools软件生成CaSFS软件所需的pileup和glf文件，过滤获得亲本之间的有效SNP集；采用窗口滑动的方法，确定每个窗口的基因型，选择以每15个SNP为一个窗口，每次滑动一个SNP，得到每个个体的基因型并生成bin图；对生成的bin图采用拟测交的方式利用Joinmap软件进行连锁分析，构建‘红地球’与‘森田尼无核’遗传连锁图谱；用WindowQTLCartographer2.0软件进行QTL定位，在定位区间通过Perl程序语言找到符合SSR特征序列的35个SSR分子标记，用Primer premier5.0软件设计35个SSR分子标记引物对，通过HRM技术筛选亲本之间在无核性状上存在差异的SSR分子标记，并在131株F1代杂交群体及65个葡萄品种的自然群体中检测无核分型正确率、无核检测率、无核保持率。【结果】在‘红地球’与‘森田尼无核’构建的遗传连锁图谱上，将葡萄无核性状定位在chr18号染色体上，定位区间26 835 846—26 960 426，对无核的贡献率为77.9%，LOD阈值为26.3。亲本之间在无核性状上存在差异的SSR分子标记为VvSD10，其在111 bp等位点能对葡萄无核性状进行鉴定，利用分子标记VvSD10上的111 bp等位点通过HRM技术在葡萄F1代杂交群体及自然群体中进行葡萄无核性状的鉴定。……