肾透明细胞癌中SLAMF1基因表达变化及其诊断预后的价值
2018-07-04栾志宇刘文斌郝翔麟王丹丹陈建平刘晋祎
栾志宇,韩 飞,刘文斌,郝翔麟,赵 佶,王丹丹,陈建平,曹 佳,刘晋祎
(陆军军医大学军事预防医学院毒理研究所,重庆 400038)
人类信号转导淋巴细胞激活分子家族1(signaling lymphocytic activation molecule family member1,SLAMF1)基因编码一种70ku的CD150糖蛋白,该蛋白属于SLAM表面受体免疫球蛋白超家族成员,最早被发现是T细胞的表面受体[1-2]。CD150蛋白广泛表达于免疫细胞,包括活化的T淋巴细胞、B淋巴细胞、树突细胞、巨噬细胞和单核细胞[2-6]。有研究发现CD150是麻疹病毒,犬科动物瘟热病毒和牛瘟病毒的主要受体[7-8]。此外,SLAMF1基因也参与几种恶性血液系统疾病,包括慢性淋巴细胞白血病、原发性纵隔B细胞淋巴瘤和何杰金氏淋巴瘤[9-11]。ROMANETS-KORBUT等[12]在中枢神经系统(central nervous system,CNS)肿瘤中发现SLAMF1编码的CD150蛋白高表达[12]。另一项研究发现,SLAMF1rs1061217降低了超重女性患乳腺癌的风险,但增加了体重正常女性的患病风险[13]。然而目前尚无文献报道SLAMF1基因与肾透明细胞癌的关系。因此,本研究拟探讨SLAMF1在肾透明细胞癌中的表达变化及其预后诊断价值。
1 材料与方法
1.1oncomine数据库中SLAMF1在肾透明细胞癌中的RNA-Seq数据收集设定以下条件检索oncomine(https://www.oncomine.org)数据库。①Gene:SLAMF1;②Analysis Type:Cancervs. Normal Analysis;③Cancer Type:Clear Cell Renal Cell Carcinoma。其中Yusenko Renal、Beroukhim Renal、Jones Renal共3个队列的差异分析结果显示,SLAMF1 mRNA表达在肾透明细胞癌组织和正常组织中存在显著差异。收集以上3个队列研究中SLAMF1 mRNA表达数据147例,其中正常组织39例,肾透明细胞癌组织108例。基因探针ID为206181_at。
1.2下载TCGA数据库中RNA-Seq数据和临床数据下载癌症基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)(http://tcgadata.nci.nih.gov)中TCGA KIRC Cohort(Kidney Clear Cell Carcinoma)中相关的RNA-Seq数据。肾透明细胞癌患者基因表达谱数据dataset ID为TCGA.KIRC.sampleMap/HiSeqV2,患者的临床病理学特征信息dataset ID为TCGA.KIRC.sampleMap/KIRC_clinicalMatrix。获得SLAMF1 mRNA表达数据605例,其中包含配对的正常组织和肾透明细胞癌组织72例。……
