干制辣椒InDel-PCR反应体系的构建及应用
2018-06-07杨延杰
王 辉, 王 爽, 姜 童, 杨延杰, 林 多
(青岛农业大学园艺学院/青岛市遗传改良与育种重点实验室,山东青岛 266109)
辣椒(CapsicumannuumL.)属茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum),是一年生或多年生草本植物[1]。干制辣椒作为辣椒的重要种类之一,是辣椒产业化生产的主要原料,在辣椒产业中占据重要的位置[2]。我国是仅次于印度的世界干制辣椒第二大出口国,干制辣椒作为我国的传统出口创汇品种,适种区域广,经济效益高,加工增值潜力大[3],产业链长,尤其是西北、西南、华北重要的特色经济作物,全国有20多个地区将干制辣椒作为当地的主要产业。
InDel(insertion-deletion)是针对基因组中插入缺失位点而设计的PCR标记,广泛分布于基因组中[4-5]。InDel标记具有带型简单、密度高、变异稳定、多态性强、检测容易的特点。应用InDel标记技术,可在材料间亲缘关系分析、关键基因资源拓宽、遗传群体评价等方面进行高效研究,进而为快速高效选育优良杂交组合奠定基础。目前,在水稻[6]、玉米[7]、番茄[8]、黄瓜[9]等作物的种质资源遗传多样性和亲缘关系等研究领域已有关于InDel标记技术的研究,但对于干制辣椒InDel标记的研究尚未见报道。
InDel-PCR反应体系构建是InDel标记的研究基础。在进行InDel-PCR扩增时,不同模板材料所要求的反应条件不同,扩增结果易受反应条件中诸多因素的影响[10],为保证InDel标记的准确性和重复性,建立和优化InDel-PCR反应体系十分必要。本试验以干制辣椒为材料,筛选适用于InDel-PCR的DNA提取方法,对PCR反应条件中模板DNA浓度、引物浓度和循环次数进行优化,以建立干制辣椒 InDel-PCR 反应的最佳体系,并进一步进行InDel引物筛选。……
