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has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析

2018-06-04,

中南医学科学杂志 2018年2期
关键词:数据库生物功能

,

(南华大学公共卫生学院,湖南 衡阳 421001)

成熟的miRNA (microRNA)是一类长约19-23nt内源表达的非编码单链小RNA分子,其作为基因表达的转录调节因子普遍存在于动植物体内和病毒体内[1]。miRNA通过并入到RNA诱导的沉默复合物(RISC)中并与其互补靶mRNA特异性结合来发挥沉默功能,其靶向mRNA的主要方式包括翻译抑制、mRNA裂解、改变mRNA稳定性。早期研究发现,miRNA对发育时间、细胞死亡、细胞增殖、免疫、神经系统模式等生物学过程的调控至关重要[2]。

MiR-155-5p定位于人染色体 21q21.3,是一个典型的多功能miRNA,由 B 细胞整合簇(称为BIC或miR-155HG)基因的高保守区13kb区域内 3 个外显子编码组成[3]。在活化的B/T细胞、单核细胞、巨噬细胞中miR-155-5p均呈现显著高表达。值得注意的是由于具有不同的表达谱,miR-155-5p在免疫反应、炎症反应、造血谱系分化、病毒感染、心血管疾病以及癌症等病理生理过程中起关键作用[4]。目前,对miR-155-5p的研究主要集中在肿瘤发生发展过程中的作用,所以用生物信息学方法分析miR-155-5p的靶基因对今后探索miR-155-5p在癌症诊断和治疗中的功能作用十分重要。本文通过对预测得到的miR-155-5p靶基因集合进行基因本体论 (Gene ontology, GO)注释和京都基因与基因组百科全书 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析,了解其生物学特性及功能,为今后开展miR-155-5p研究提供方向和分子基础。

1 材料与方法

1.1 miR-155-5p的序列保守性分析运用miRbase数据库 (http://www.mirbase.org/)在线查找各物种已知的成熟miR155-5p 碱基序列,比对分析miR-155-5p序列在各物种之间的保守性。

1.2 miR-155-5p的靶基因预测采用miRanda (http://www.microrna.org/),miRDB(http://www.mirdb.org/),TargetScan(http://www.targetscan.org/)和Clip-Seq(http://mirtarclip.mbc.nctu.edu.tw/) 4个在线数据库预测miR-155-5p的靶基因,用Venny2.1.0画韦恩图得到4个数据库预测结果的交集。

1.3 miRNA-155-5p靶基因……

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