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浅谈临床生物信息学在临床医学教育中的作用及初步实践

2018-01-16张皓旻于睿莉迟小华陈红飞席义博陈锡勐贺培凤卢学春

转化医学杂志 2018年3期
关键词:数据库生物分析

张皓旻,杨 波,郭 斌,于睿莉,迟小华,陈红飞,席义博,陈锡勐,贺培凤,卢学春

生物信息学是20世纪80年代兴起的一门新的应用生物学学科,在过去的30年里有了长足的发展,在生物学、基础医学、农学和法医学等领域都有了深入和广泛的应用,但在指导临床医学教学和临床转化研究方面应用相对不足。

临床生物信息学与经典生物信息学不同,侧重于临床密切相关的生物信息学内容,包括疾病的诊断、治疗、预后评估等组学数据库、分析平台具体应用,是一门生物信息学与临床医学的交叉学科,是大数据研究的一个新分支。一言以蔽之,临床生物信息学是将组学大数据作为研究对象,结合临床具体问题,经数据挖掘,获得能够指导临床诊断、治疗及预后评估的知识。当前,随着计算机科学的进步,出现包括数据库分析、机器学习以及人工智能等一系列新技术,极大的丰富了临床生物信息学方法学。我们自2003年以来,利用临床生物信息学方法进行了一系列临床转化研究,并在国内多所医学院校主讲了有关临床生物信息学方法及应用的课程,在这些实践基础上,论述临床生物信息学在临床医学教育中的作用。

1 临床生物信息学的教育现状和迫切需求

随着基础研究的不断深入,基因组学、转录组学、表观基因组学和蛋白质组学的数据不断增多,全球范围内每天产生海量的DNA、RNA、蛋白质以及由此产生的二级数据库等生物信息数据。临床医生如何利用这些基础研究的数据,解决临床实践过程中诊断、治疗和预后评估的疑难问题,为患者服务,这是每一个基础研究和临床工作者所面临的难题。……

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