张先文 贺治洲 江南 邓华凤 李继明

（1. 杂交水稻国家重点实验室 湖南杂交水稻研究中心 湖南省农业科学院，长沙 410125；2. 华智水稻生物技术有限公司，长沙 410125；3.湖南农 业大学生物科学技术学院，长沙 410128）

高通量基因型分型技术及其在水稻中的应用

张先文1，2，3贺治洲2江南2邓华凤1李继明2

（1. 杂交水稻国家重点实验室 湖南杂交水稻研究中心 湖南省农业科学院，长沙 410125；2. 华智水稻生物技术有限公司，长沙 410125；3.湖南农 业大学生物科学技术学院，长沙 410128）

作物种质资源遗传基础的深入认识与高效利用，对于品种改良和粮食安全具有重要意义。传统系谱考察的方法对指导育种实践发挥了重要作用，随着分子生物学的发展，基因组学和高通量SNP分子标记等基因型分型方法可以更便捷地对种质资源进行鉴定。就基因型分型的主要方法进行了总结，重点论述了以SNP为核心的下一代高通量测序（NGS）分型方法、竞争性等位基因特异性PCR（KASP）和SNP芯片系统，以及当前主流的SNP分析工具和数据库。同时，介绍了高通量SNP分型技术在水稻研究中的进展，并就分型技术在作物育种等领域的应用和发展趋势进行了展望。

系谱；SNP；分型；下一代高通量测序；竞争性等位基因特异性PCR

对野生动植物的驯化和利用极大地推动了人类社会文明的进步，对植物种质资源遗传背景和多样性的认识与利用加速了植物育种技术的革命，从而为人类提供更多更优质的粮食和其他植物类产品。随着人口的增加、环境的恶化以及社会的发展，未来的粮食需求对包括水稻、麦类和玉米等主要粮食作物的育种提出了更高的要求，不仅要求稳产、高产，还要优质。……