张 杰, 张晓鹏, 李鹏高 , 赵志强

(1. 首都医科大学 公共卫生学院临床流行病学北京市重点实验室, 北京 100069；2. 首都医科大学 信息中心, 北京 100069)

小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较

张 杰1, 张晓鹏1, 李鹏高1, 赵志强2

(1. 首都医科大学 公共卫生学院临床流行病学北京市重点实验室, 北京 100069；2. 首都医科大学 信息中心, 北京 100069)

分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提取到的DNA完整性好于其他方法,研磨结合改良CTAB法是一种提取粪便细菌基因组DNA较为实用可靠的方法。

粪便； 细菌基因组DNA； 提取方法

肠道是哺乳动物体内最大的消化器官,其中含有数量巨大的细菌菌群,形成了极其复杂的细菌微生态系统,肠道微生态系统中的菌群结构、数量和种类的变化与机体的健康和疾病有着密切的关系[1-2]。

粪便的主要成分是微生物的菌体和食物残渣,其中包含着重要的肠道微生物信息,可以间接地反映肠道微生物的变化情况。近年来随着分子生物学研究和技术的发展,利用分子生物学技术和方法从粪便中提取肠道微生物总DNA，并对相关疾病进行研究取得了许多突破[3-4]。但是粪便中含有的成分非常复杂,其中含有的色素、多糖和纤维素等物质对TaqDNA聚合酶有抑制的作用；脂类、酸类、多酚等有机物在DNA提取过程中很难去除,这些杂质不但易导致目标DNA的降解 ,还直接影响到后续研究的准确性。……