石旦，徐斌，蒋敬庭

(苏州大学附属第三医院肿瘤生物诊疗中心，江苏省肿瘤免疫治疗工程技术研究中心，苏州大学细胞治疗研究院，江苏常州 213003)

·肿瘤与微环境检测·

基于TCGA数据的肝癌预后相关miRNA筛选*

石旦，徐斌，蒋敬庭

(苏州大学附属第三医院肿瘤生物诊疗中心，江苏省肿瘤免疫治疗工程技术研究中心，苏州大学细胞治疗研究院，江苏常州 213003)

目的通过TCGA数据库中肝癌高通量测序数据的分析，寻找新的肝癌预后相关的miRNA，为后续研究提供数据支持。方法下载TCGA数据库中miRNA表达数据及肝癌患者相关临床病理参数，基于R语言进行数据的整理、合并及标准化；分别采用单因素Cox生存分析模型及BhGLM R软件包中指数先验分布模型对miRNA表达数据进行分析，并选择两种方法筛选结果的交集。结果单因素Cox生存分析模型共筛选出63个预后相关miRNA(P<0.05)，指数先验分布模型筛选出77个miRNA，两种方法共筛选出包括miR-188、miR-576、miR-887及miR-91等18个与肝癌患者预后密切相关的miRNA。结论单因素Cox模型联合指数先验分布模型筛选出的肝癌预后相关miRNA具有较高的可信度，或可成为肝癌预后判断的新指标。

肝癌；miRNA筛选；TCGA数据库

miRNA通过调控细胞因子、生长因子、促凋亡和抗凋亡基因等信号分子的表达而参与肿瘤的发生、发展和转移[1-2]。肝癌的发生与多种因素相关，其发生、发展和转移常伴有特定miRNA的异常表达。本研究通过单因素Cox模型及贝叶斯多水平Cox比例风险模型中指数先验模型共同分析TCGA数据库中肝癌miRNA表达数据，并依据两种方法筛选的结果选择在肝癌患者中预后价值较高的miRNA，为临床研究及应用提供数据支持。

1 材料与方法

1.1数据采集 下载TCGA数据库(https://genome-cancer.ucsc.edu/proj/site/hgHeatmap/)中肝癌高通量测序表达谱数据及miRNA表达谱数据(时间截止为2015年2月24日)，通过R软件(https://www.r-project.org/)对上述下载数据进行整理。……