牟必琴， 严超超， 李午佼， 李静， 沈咏梅， 岳碧松*

(1.四川大学生命科学学院，生物资源与生态环境教育部重点实验室，成都610064； 2. 药用美洲大蠊四川省重点实验室，成都610081)

美洲大蠊基因组重复序列分析

牟必琴1， 严超超1， 李午佼1， 李静1， 沈咏梅2， 岳碧松1*

(1.四川大学生命科学学院，生物资源与生态环境教育部重点实验室，成都610064； 2. 药用美洲大蠊四川省重点实验室，成都610081)

重复序列是真核生物基因组的重要组成部分。一些重复序列，如自主型的逆转录转座子LINE，在昆虫的系统进化和遗传多样性研究方面得到了广泛的应用。denovo从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplanetaamericana基因组，共鉴定出大约占全基因组62%的重复序列。研究发现，散在重复序列中，DNA转座子占美洲大蠊基因组的16.18%；逆转座元件中LINE最多，占基因组的13.64%，SINE和LTR分别占基因组的3.52%和1.32%。LINEs中的BovBs亚家族在所有转座子亚家族中比例最高(约6.73%)。美洲大蠊与德国小蠊Blattellagermanica相比，除LTR外，其他类型的转座子占基因组的比例均高于德国小蠊。通过分析逆转录转座子反转录酶完整度、氨基酸序列相似度及遗传距离，从美洲大蠊基因组中鉴定出一类BovBs：RTE-1_PAm。BovBs的反转录酶氨基酸序列的系统树表明，美洲大蠊与内华达古白蚁Zootermopsisnevadensis的进化关系比与其同属蜚蠊科Blattidae的德国小蠊的关系更近。昆虫中BovBs的进化关系与传统核基因进化关系的不同，表明转座子的进化相对宿主基因的进化具有一定的独立性。

美洲大蠊； 基因组； 重复序列； 转座子；……