一株金黄色葡萄球菌小菌落突变株全基因组测序分析
2017-05-18王奇惠时永强张赛飞朱立力曲伟杰
王奇惠,时永强,祝 宇,张赛飞,朱立力,曲伟杰
(云南农业大学动物科学技术学院,云南昆明 650201)
一株金黄色葡萄球菌小菌落突变株全基因组测序分析
王奇惠,时永强,祝 宇,张赛飞,朱立力,曲伟杰*
(云南农业大学动物科学技术学院,云南昆明 650201)
对金黄色葡萄球菌小菌落突变株(small colony mutant strainsStaphylococcusaureus,SASCVs)和CP000253.1基因组差异进行了研究,为后续研究金葡菌分泌抗药物相关物质能力提供数据支持。对一株金葡菌小菌落突变株进行全基因组测序,并与CP000253.1参考序列进行序列比较。结果显示,金葡菌SCVs的文库插入片段为350 bp,测序读长为150 bp,SCVs的原始数据量为551 Mb,SCVs的碱基含量分布在处理前后有所不同,通过重测序,存在单核苷酸多态性(SNP)的数量较大。金葡菌SCVs与CP000253.1参考序列之间存在明显的序列差异,该数据为研究金葡菌感染奶牛乳房炎提供了一定的序列依据。
金葡菌小菌落突变株;基因序列差异;全基因组测序;单核苷酸多态性
奶牛乳房炎是奶牛最常见的疾病之一[1-2]。由金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)所引起的奶牛慢性乳房炎一直制约着我国奶牛养殖业的发展。细菌小菌落突变株(small colony variants,SCVs)于1910年首次被报道,当时分离的一株SCVs被认为是一种异常伤寒菌,后来被证实这株SCVs属于肠伤寒沙门菌。在临床上,SCVs 比相应的野生株更能持续存在于哺乳动物的细胞中,并且对抗生素不敏感,当宿主细胞形成应急保护性的环境时,SCVs会引起隐性或者复发性感染。在许多细菌种属中都发现有SCVs,但葡萄球菌SCVs研究的相对较少,尤其是金黄色葡萄球菌(简称金葡菌)。……
