APP下载

结核分枝杆菌蛋白Rv0089的生物信息学分析

2017-04-13付陈增

中文信息 2017年2期
关键词:生物信息学结构域

摘 要: 目的 应用生物信息学软件对结核分枝杆菌蛋白Rv0089进行了分析预测。方法 利用ProtParam对Rv0089的氨基酸序列进行分析,SOPMA预测二级结构,PSORTb预测亚细胞定位,CD-search预测功能结构域。结果 Rv0089为碱性蛋白,α-螺旋和无规卷曲是其主要二级结构元件,含有甲基转移酶结构域。结论 通过生物信息学分析获得了该蛋白的信息特征,为进一步研究其生物学功能奠定了基础。

关键词:Rv0089 生物信息学 结构域

中图分类号:Q394.3 文献标识码:A 文章编号:1003-9082(2017)02-0265-01

结核病是当前严重危害人类健康的主要传染病之一,病原体为结核分枝杆菌,有证据表明世界上有将近1/3的人口感染了结核分枝杆菌[1]。多数人不出现明显的临床症状,称为潜伏感染,约5%-10%潜伏感染者可在数年内或数十年内发展为活动性肺结核[2],HIV感染及多药耐药性的出现使得控制这种疾病变得非常困难[3]。本研究应用多种生物信息学软件对结核分枝杆菌蛋白Rv0089进行了分析预测,希望为早期结核病的诊断以及新的抗结核药物的研制奠定基础。

一、材料与方法

利用ProtParam(http://web.expasy.org/protparam/)对Rv0089的氨基酸序列进行分析,SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa _sopma.html)预测二级结构,PSORTb(http://www. psort.org/psortb/index.html)预测其亚细胞定位,CD-search(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrps b.cgi)预测功能结构域。

二、结果与分析

1.一级序列分析 Protparam分析表明Rv0089含有197个氨基酸残基,含有20个强碱性氨基酸(R、K),14个强酸性氨基酸(D、E),84个疏水性氨基酸(A、I、L、F、W、V),37个极性氨基酸(N、C、Q、S、T、Y)。分子量为21.6kDa,理论等电点9.61为碱性蛋白,总平均亲水性为0.123。

2.二级序列预测 SOPMA分析表明α-螺旋和无规卷曲是其主要二级结构元件,无规卷曲主要分布于氨基酸残基的149-164位置。

3.亚细胞定位预测 PSORTb预测表明Rv0089在胞外、细胞壁、细胞膜和细胞质均有分布。

4.结构域预测 CD-search分析表明Rv0089含有甲基转移酶结构域,位于27-120氨基酸残基处(图1)。

三、讨论

经CD-search分析Rv0089含有甲基转移酶结构域,其应属于甲基转移酶超家族。甲基化反应在生物体内是非常普遍也是非常重要的,甲基转移酶催化甲基化反应,常以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)作为甲基供体[4]。研究表明许多重要的生理环节都涉及到甲基转移酶的调控作用,比如组蛋白甲基化修饰会影响异染色质形成、X染色体失活[5],O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)具有DNA修复的功能等等[6]。因此Rv0089可能也涉及到结核分枝杆菌H37Rv的多个生理环节。

本文利用多种生物信息学软件对结核分枝杆菌蛋白Rv0089进行分析预测,为进一步研究其生物学功能及潜在的临床应用前景奠定了基础。

参考文献

[1]Victor TC, van Helden PD, Warren R. Prediction of drug resistance in M. tuberculosis: molecular mechanisms, tools, and applications[J]. IUBMB Life. 2002;53(4-5):231-237.

[2]Druszczyńska M1, Kowalewicz-Kulbat M, Fol M,et al.Latent M. tuberculosis infection--pathogenesis, diagnosis, treatmentand prevention strategies[J]. Pol J Microbiol. 2012;61(1):3-10.

[3]Cardona PJ.The Progress of Therapeutic Vaccination with Regard to Tuberculosis [J]. Front Microbiol.2016;7:1536.

[4]Bauerle MR, Schwalm EL, Booker SJ.Mechanistic diversity of radical S-adenosylmethionine (SAM)-dependent methylation[J].J Biol Chem. 2015;290(7):3995-4002.

[5]Ma F,Zhang CY. Histone modifying enzymes: novel disease biomarkers and assay development[J]. Expert Rev Mol Diagn. 2016;16(3):297-306.

[6]Agarwal S, Suri V,Sharma MC, et al.Therapy and progression-induced O6-methylguanine-DNA methyltransferase and mismatch repair alterations in recurrent glioblastoma multiforme[J]. Indian J Cancer.2015;52(4):568-573.

作者簡介:付陈增(1989-),女,于漯河医学高等专科学校微生物免疫教研室工作。

猜你喜欢

生物信息学结构域
革兰氏阳性菌蛋白结构域特征分析
蛋白质结构域划分方法及在线服务综述
浅谈医学院校生物信息学专业青年教师规范培训模式的建立
“PBL+E—learning”教学模式探索
移动教学在生物信息学课程改革中的应用
重组绿豆BBI(6-33)结构域的抗肿瘤作用分析
组蛋白甲基化酶Set2片段调控SET结构域催化活性的探讨
泛素结合结构域与泛素化信号的识别