许睿,金松林,王廷雨

（河南科技学院信息工程学院,河南新乡453003）

一种新型的蛋白质复合物挖掘算法

许睿,金松林,王廷雨

（河南科技学院信息工程学院,河南新乡453003）

随着人类基因组计划的完成,如何从蛋白质网络的结构特性出发,有效地识别蛋白质复合物和功能模块正成为蛋白质组学研究的重点.提出一种新型的蛋白质复合物挖掘算法,首先分析蛋白质网络的结构特征,依据每个蛋白质的GO术语相似性对蛋白质网络进行加权,再通过不断地迭代传播,将各节点划分到稳定的集合中,从而识别出蛋白质复合物.该算法与CPM算法（k=3）及Core-Attachment算法进行对照实验,结果表明该算法在预测得到的蛋白质复合物的匹配程度和复合物的功能富集性等方面更有优势.

蛋白质网络；GO术语；蛋白质相互作用；蛋白质复合物

随着人类基因组序列测序的完成,现代生物学研究已经进入了后基因时代,课题研究的重点也将转移到基因的功能表达问题,大多数基因最终是通过对应的蛋白质进行表达的[1].在蛋白质组学的大量研究中,发现一个复杂的生物活动不可能只是单独的生物分子来操纵的,往往是由多个生物分子相互配合所表达出来的,如何透过生命现象,观察生命的本质以及发现基因的全部功能是一个重要的挑战[2].

研究表明蛋白质网络中各节点的度服从幂率分布[3],大部分节点的度较低而少数节点的度却很高,而且大部分节点只与少数……