猪星状病毒2型PCR检测分型方法的建立及初步应用
2017-01-13罗季委李海锦贺巨炬李润成余兴龙肖朝庭
罗 璋,罗季委,李海锦,贺巨炬,彭 旺,李润成,余兴龙,肖朝庭
(1.湖南农业大学动物医学院,湖南长沙410128;2.湖南大学生物学院,湖南长沙410082)
猪星状病毒2型PCR检测分型方法的建立及初步应用
罗 璋1,罗季委1,李海锦1,贺巨炬1,彭 旺1,李润成1,余兴龙1,肖朝庭2※
(1.湖南农业大学动物医学院,湖南长沙410128;2.湖南大学生物学院,湖南长沙410082)
根据GenBank登的猪星状病毒2型(PAstV2)序列,设计1对引物。通过优化反应条件,首次在湖南地区检测到PAstV2型病毒。用该方法通过提取样品RNA,采用RT-PCR进行扩增,得到一条预期的特异性条带(243bp),将扩增产物进行测序分析,结果表明该序列与PAstV2型的参考序列同源性为96%。同时,用该引物检测可引起腹泻的PEDV、TGEV、CSFV和PRRSV四种病毒RNA,RT-PCR结果均为阴性。该RT-PCR的敏感性试验结果表明其最高敏感度为400 pg/μL。采用该方法对湖南境内78份猪肠道和粪便样品进行检测,发现PAstV2型的感染率达到11.5%(9/78)。结果表明该方法可以应用于临床PAstV2检测。
猪星状病毒;基因型;PCR;PAstV2
1 材料和方法
1.1 材料
1.1.1 病毒与病料
猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)由湖南农业大学动物医学院预防兽医实验室保存;猪瘟病毒(CSFV)和猪蓝耳病病毒(PRRSV)来自于普莱科生物疫苗毒;78份猪粪便和肠道收集于湖南不同地区的猪场。
1.1.2 主要试剂
RNA抽提试剂Trizo1Reagent购自Invitrogen公司;Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit购自Fermentas公司;Taq DNA聚合酶Mix购自天恩泽生物有限公司;无R N A酶水购自生工生物工程有限公司,其他常规试剂均为国产,分析纯。
1.1.3 样品处理
取病猪的粪便0.2g,加入1mL无RNA酶水,用旋涡混合仪震荡混匀后,放入高速台式冷冻离心机12 000r/min离心5min,取上清液至-20℃冰箱贮存。……
