miR-210在马氏珠母贝外套膜矿化机制中的结构和功能预测
2016-11-12潘晓艳田荣荣杜晓东
潘晓艳,郑 哲,田荣荣,焦 钰,杜晓东
(广东海洋大学水产学院,广东 湛江 524025)
miR-210在马氏珠母贝外套膜矿化机制中的结构和功能预测
潘晓艳,郑 哲,田荣荣,焦 钰,杜晓东
(广东海洋大学水产学院,广东 湛江 524025)
为进一步探究Pm-miR-210在马氏珠母贝贝壳形成的作用,利用miR-RACE技术验证Pm-miR-210的成熟体序列并进行序列分析,通过生物信息学分析来获得Pm-miR-210的前体序列,并进行组织定量和靶位点预测。结果表明,Pm-miR-210的miR-RACE结果与高通量测序结果一致,利用转录组数据库与Pm-miR-210成熟体序列比对,获得的前体序列长度为80 bp并具有典型的颈环结构。多序列比对结果显示,Pm-miR-210成熟体序列的种子区域在不同物种间具有极高的保守性。荧光定量结果得出,Pm-miR-210在外套膜边缘膜和中央膜中均有表达,但表达量差异不具统计学意义(P > 0.05)。靶向预测分析结果显示,钙调蛋白(calmodulin)、钙调磷酸酶-A亚基(calcineurin A subunit)、N19以及Shematrin-3为Pm-miR-210的候选靶基因。
马氏珠母贝;Pm-miR-210;靶向预测;贝壳形成
microRNA(miRNA)是一类内生性、在序列结构上具有很大保守性、长度为21~25 nt的非编码单链小分子RNA[1-2]。miRNA 主要是通过其种子序列(5' 端第2—8 nt)与靶mRNA 的3'UTR进行完全或不完全互补配对,从而抑制mRNA的翻译或直接使其降解或沉默,行使转录后调控功能[3-6]。如果miRNA与其靶mRNA完全互补,作用方式和功能与siRNA非常类似,则最后切割靶mRNA[7]。目前,发现的数以千计的 miRNA通过对靶基因的调控[8-10],参与了包括生长发育、细胞分化、细胞调亡等几乎所有己知细胞生理过程[11-14],并与生物体的感染、肿瘤、代谢性疾病等多种病理过程有关[15]。
miRNA-210是miRNA中的一种类型,作为一种靶基因的沉默子,主要与癌症及癌细胞转移的研究有关[16-17]。……
