张燕萍，郑红梅，邵芳，韩晓磊，徐建荣，顾志良

（1.常熟理工学院生物与食品工程学院，江苏常熟215500；

2.南京医科大学附属常州第二人民医院肿瘤研究所，江苏常州213003）

沙塘鳢线粒体基因组全序列的测定和分析

张燕萍1，郑红梅1，邵芳2，韩晓磊1，徐建荣1，顾志良1

（1.常熟理工学院生物与食品工程学院，江苏常熟215500；

2.南京医科大学附属常州第二人民医院肿瘤研究所，江苏常州213003）

为揭示沙塘鳢（Odontobutis）线粒体基因组特征，采用PCR扩增和测序的方法获得沙塘鳢（Odontobutis）线粒体基因组全序列.通过生物信息学软件（tRNAscan-SE、RNAfold）定位沙塘鳢线粒体基因组基因结构及预测tRNA和rRNA的二级结构.沙塘鳢线粒体基因组全长16 930 bp，结构组成和其他硬骨鱼基本一致，包括13个蛋白质编码基因，22个tRNA，2个rRNA和1个D-loop区. 13个蛋白质编码基因中，除了CO1是以GTG作为起始密码子，ND6以TTA作为起始密码子以外，其余都以ATG起始.沙塘鳢线粒体基因的终止密码子有3种类型，分别为完全密码子TAA、不完全密码子TA和T.除了tRNASer（AGN）和tRNACys外，其余20个tRNA基因的二级结构都是典型的三叶草结构.识别了沙塘鳢终止序列区、中央保守区D、E、F和保守序列区CSB-1、CSB-2和CSB-3.比较沙塘鳢cytb基因序列与其他物种同源性发现，沙塘鳢与平头沙塘鳢的同源性最高（87.03%），河川沙塘鳢次之（83.57%），与人的同源性最低（70.64%）.该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类提供依据，更真实地反映了沙塘鳢的分类地位和进化关系.

沙塘鳢；线粒体DNA序列；D-Loop区；系统进化

鱼类是脊椎动物中最原始而在种属数量上又最占……