檀小辉　张继　梁芳

摘要：从NCBI中的EST数据库下载已公布的甘蔗EST序列28 512条，利用DNAStar软件中的Seqman程序进行叠连群构建，EST序列共构建3 449个叠连群，从中筛选出93个叠连群，长度共计105 385 bp，发现候选SNP位点 1 449个，SNP平均出现频率为1.37%，共有74个contigs含有SNP位点，平均每个contig含有19.58个SNP位点，含有SNP位点数最多的1个叠连群有229个SNP候选位点，不同的叠连群含有的SNP位点数量差异较大，但转换类型与颠换类型所占比例很接近。本研究所用的叠连群的总长度是105 385 bp，平均72.93 bp含有1个SNP位点。

关键词：甘蔗；NCBI；EST序列；DNAStar；SNP位点

中图分类号： S566.101 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2016）07-0064-03

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）指基因组内DNA序列在某一特定的核苷酸位置发生缺失、插入、颠换、转换等变化。作为第3代遗传标记，已在动植物遗传连锁图谱构建[1]、重要性状的基因定位[2]、多样性分析[3]以及品种鉴定[4]等相关研究中得到广泛的应用，跟以简单序列重复（SSR）为代表的第2代分子标记相比，SNP具有易于实现自动化分析、遗传稳定性强、密度高等优点。但SNP标记开发在前期测序阶段成本较高而限制了SNP相关标记的大规模开发。因此，利用已有数据，通过生物信息学进行相关分析来开发SNP标记，然后通过相关试验对候选SNP标记加以验证，已成为一种降低成本且快捷高效的SNP开发途径[5]。

表达序列标签 （expressed sequence tags，EST）是来源于功能基因表达的cDNA片段，是转录区域多态性识别的重要资源，随着相关研究的深入，公共数据库中的核苷酸序列中EST序列的增速最快，以EST序列为基础开发分子标记，变得越来越方便。目前，常用的EST标记有EST-AFLP、EST-RFLP、EST-SSR、EST-SNP等[6]。……