张春城 , 李晓琴

(北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京 100124)



基于设计模板的BRD-like折叠类型综合分类方法

张春城 , 李晓琴*

(北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京 100124)

摘要：蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题，折叠类型分类是蛋白质折叠研究的基础。构建BRD-like折叠类型模板数据库，建立了基于多模板的综合分类方法，并用于该折叠类型的分类。对实验集的12 117个样本进行检验，结果的敏感性、特异性分别为0.923和0.997，MCC值为0.72；对独立检验集2 260个样本的检验，结果发现：敏感性、特异性分别为0.941和0.998，MCC值为0.86. 结果表明：基于多模板的综合分类方法可用于蛋白质折叠类型分类。

关键词：蛋白质分类；折叠类型分类；模板数据库；分类方法

蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题，折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。围绕蛋白质折叠类型进行系统化研究，将为蛋白质的功能分类和预测[1]提供依据，研究结果用于蛋白质空间结构预测，可缩小蛋白质三级结构预测的搜素范围，加快搜索的速度[2]。

蛋白质折叠类型是一种粗粒化的结构，反映了蛋白质核心结构的拓扑模式[3-6]。蛋白质折叠类型包括蛋白质分子空间结构的三个主要方面：二级结构单元、二级结构单元的相对排布位置以及蛋白质多肽链的整个路由关系(即肽链走向)[7]。蛋白质的空间结构十分复杂，但它的框架结构(折叠类型或拓扑结构或折叠子)却相对简单[8]。现在一般认为蛋白质的折叠……