黄艳青，刘港彪，王 利*

(1. 农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室(中国水产科学研究院东海水产研究所)，上海 200090；2. 国家民委-教育部重点实验室(西南民族大学生命科学与技术学院)，成都 610041)



鮰爱德华菌外膜蛋白OmpLC基因的生物信息学分析

黄艳青1，刘港彪2，王 利2*

(1. 农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室(中国水产科学研究院东海水产研究所)，上海 200090；2. 国家民委-教育部重点实验室(西南民族大学生命科学与技术学院)，成都 610041)

摘要：采用PCR方法从鮰爱德华菌基因组中扩增出外膜蛋白OmpLC基因，利用生物信息学相关软件和网络数据库，预测该基因编码产物的基本理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜性、二级结构、结构域及基序、以及三级结构，同时构建OmpLC同源基因的系统发育进化树。结果表明：该蛋白由360个氨基酸组成，分子量为39.407 kD，理论等电点为4.98，不稳定系数为18.26，是一种稳定的强亲水性蛋白，有信号肽，成熟蛋白无跨膜螺区。其二级结构中α螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占6.67%、45.28%和48.06%，其空间结构为β桶状，属于OM_channels superfamily的gram_neg_porins成员。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示，该蛋白序列与OmpLC 蛋白(AEQ59632、AEQ59639)具有高度同源性，且在系统发育树上与二者聚为一簇。鮰爱德华菌OmpLC的生物信息学分析不仅为进一步探索该蛋白的功能提供参考资料，也为研究鮰爱德华菌的感染和致病机理，研制相关疫苗提供理论依据。

关键词：鮰爱德华菌；外膜蛋白；结构预测；生物信息学

鮰爱德华菌(Edwardsiellaictaluri)属肠杆菌科(Enterobacteriaceae)爱德华菌属(Edwardsiella)的一种革兰氏阴性短杆菌，该菌主要感染鲶形目鱼类[1]。……