韩 娜强裕俊张婷婷苗娇娇张 雯*（1 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所生物信息室，北京 102206；2 感染性疾病诊治协同创新中心，浙江 杭州 310003）



基于454高通量测序平台血液、呼吸道、消化道临床样本的快速检测

韩 娜1，2强裕俊1，2张婷婷1，2苗娇娇1，2张 雯1，2*
（1 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所生物信息室，北京 102206；2 感染性疾病诊治协同创新中心，浙江 杭州 310003）

【摘要】目的 探讨454高通量测序平台应用于临床样本快速检测的可能性。方法 应用454高通量测序平台测定血液、呼吸道和消化道临床样本中微生物菌群的16S rDNA基因的V3-V4高变异区段序列，采用BLAST方法与RDP数据库进行比对，基于比对结果，获得不同种属的病原菌的所匹配的read数。结果 8份临床模拟样本中，7份检测出目标菌属，检出率为87.5%。在血液、肺泡灌洗液和咽拭子这类正常状态下的无菌体液，检测结果较为明确，检出的细菌较为集中，显示了检测结果的可靠性。而对本身含有较多种类细菌的粪便样本，其目标菌比例明显降低。结论 实现了80 h内得到血液、呼吸道和消化道临床样本中含有病原菌情况的检测报告，并探讨了高通量测序技术在今后临床实际应用时进一步提高检测速度和灵敏度的方法。

【关键词】454高通量测序；临床样本；病原菌；检测

16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基上，包括10个保守区域（conversed regions）和9个高变区域（hypervariable regions），其中保守区在细菌间差异不大，高变区具有属或种的特异性，随亲缘关系不同而有一定的差异［1］。因此，16S rRNA可以作为揭示生物物种的特征核酸序列，被认为是最适于细菌系统发育和分类鉴定的指标［2］。……