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云生毛茛ISSR-PCR体系优化与引物筛选

2016-06-13石琳胡延萍王建科王钧许小宁李毅王莉

生物技术通报 2016年9期
关键词:体系优化实验

石琳胡延萍王建科王钧许小宁李毅王莉

(1. 中国科学院西北高原生物研究所,西宁 810001;2. 中国科学院大学,北京 100049;3. 青海省县镇企业技术组厂站,西宁 810008)

云生毛茛ISSR-PCR体系优化与引物筛选

石琳1,2胡延萍1王建科1,2王钧1,2许小宁3李毅1王莉1

(1. 中国科学院西北高原生物研究所,西宁 810001;2. 中国科学院大学,北京 100049;3. 青海省县镇企业技术组厂站,西宁 810008)

旨在建立稳定可靠的云生毛茛ISSR-PCR反应体系。采用正交试验设计方法,对影响云生毛茛ISSR-PCR扩增结果的Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA五个因素进行优化筛选,对反应程序进行优化,建立适用于云生毛茛的最佳反应体系和扩增程序,并对反应体系和扩增程序进行验证;在此基础上筛选多态性好的ISSR引物,采用梯度法筛选各个引物的最适退火温度。结果表明,云生毛茛20 μL ISSR-PCR的最佳反应体系为:模板DNA 30 ng,Mg2+1.95 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.04 U/μL,dNTP 0.150 mmol/L,引物 0.5 μmol/L;最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性20 s,49.6-60.6℃复性1 min,72℃延伸100 s,38个循环;72℃下延伸6 min。在优化的反应体系和反应程序条件下,从100条ISSR引物中筛选获得16条ISSR扩增引物,并确定了引物各自的最适退火温度。经过不同居群云生毛茛的验证,证明优化后体系扩增条带清晰且重复性好,可用于后续云生毛茛遗传多样性的研究。

云生毛茛;ISSR-PCR;正交实验设计;体系优化;引物筛选

云生毛茛(Ranunculus nephelogenes var. nephelogenes)为毛茛科(Ranunculaceae)毛茛属(Ranunculus Linn.)多年生草本,生长于海拔2 210-4 800 m的高山草甸、沼泽草甸、河滩、湿地等处,在我国主要分布于甘肃、青海、云南、四川、西藏和新疆等省区[1]。同时云生毛茛是祁连山湿地主要的挺水植物之一,在祁连山湿地水土保持和气候调节中占据重要地位。……

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