ABI PGM测序平台用于细菌基因组de novo测序的评价

黄方亮

(浙江大学生命科学学院大型仪器平台,杭州310058)

摘要：为了探索加快细菌基因组研究的方法，利用ABI PGM 测序平台测定了 1 株单细胞硫还原地杆菌的基因组序列。测序共获得1.4 Gbp 数据，平均读长为177 bp。通过多个拼接软件并采用合适的组装策略，得到一个完整细菌基因组3.55 Mbp和一条完整质粒序列110 kbp。测定基因组序列与参考基因组kn400序列的相似性达到 94%，参考基因组91%的基因能在测定基因组中找到相似基因。通过本研究表明采用ABI PGM测序平台结合灵活的拼接策略可快速构建细菌基因组精细图谱，为进一步的功能注释及深入的信息分析提供准确的数据，大大加快研究进程。

关键词：PGM测序平台；细菌基因组测序

中图分类号：Q75文献标志码：A

收稿日期：2015-04-04;修回日期：2015-04-20.

基金项目：国家自然科学

作者简介：单光宇，男，硕士研究生，研究方向：生物信息学；E-mail: sci@shanguangyu.com.

doi:10.3969/j.issn.1672-5565.2015.02.08

Evaluation of PGM sequencing platform using in bacterial genome de novo sequencing

HUANG Fangliang

(EquipmentandTechnologyServicePlatformofCollegeofLifeSciencesZhejianguniversity，Hangzhou310058,China)

Abstract：In order to speed up bacterial genome exploration, we performed the genome sequencing of Geobacter sulfurreducens using PGM. Totally, 1.4 Gbp raw data were obtained with an average read length of 177 bp. 2 contigs were assembled by multiple software calculations using appropriate assembly strategies. The size of whole obtained genome and plasmid was measured to be 3.55 Mbp and 110 kbp, respectively. The sequenced genome identified 94% of reference genome strain KN400 and 91% genes of KN400 were tested to be orthologous in the sequenced genome. This study proved that the use of ABI PGM sequencing platform with splicing flexible strategy can rapidly build bacteria genome map. By providing accurate data for the functional annotation and in-depth information analysis, it will greatly accelerate research progress.

Keywords：ABI PGM Sequencing Platform; Bacterial Genome de novo Sequencing

随着测序技术的迅速发展和测序成本的急速降低，细菌全基因组精细测序成为科学家研究目的细菌的基本要求[1]。2005年罗氏454测序仪出现后，一次开机产生上百万条数据的高通量测序技术大大加快了基因组研究的进程[2]，2012年454测序仪发明人Jonathan Rothberg 博士在焦磷酸测序[3]的基础上，发明了新一代测序仪ABI PGM，它的测序通量更有弹性，能够使用314、316、318三种芯片，分别出10 M，100 M，1 G测序数据。用半导体检测技术替代了冷光CCD拍照成像技术检测DNA信号，测序成本更低，原始数据占用的计算机资源更少[4]。一张芯片上机测序只要3小时。……