基于EST数据的水稻基因表达大规模初步分析

宋东光

(佛山科学技术学院园艺系，广东 佛山 528231)

摘要：EST序列代表了组织基因表达的转录信号，本研究尝试开发简单高效的大规模EST分析方法，从NCBI下载水稻(Oryza sativa) 的所有EST序列并进行分析以获取水稻发育过程基因表达的重要信息。通过进行blast比对和phrap拼接分析，及利用Unix文本过滤方法，从EST序列拼接获得了3万多个重叠群序列。进一步将重叠群序列与NCBI核酸数据库进行比对获得了各个序列的注释信息。从重叠群的组织表达初步挖掘中发现花药的表达数量最多，为下一步探讨水稻发育器官特异表达基因调控打下了重要基础。

关键词：水稻；EST；Bast; Phrap; 组织特异表达

中图分类号：Q344+.13文献标志码：A

收稿日期：2015-01-19;修回日期：2015-04-24.

基金项目：国家自然

作者简介：杨红，女，讲师，研究方向：应用数学，生物信息学；E-mail: yanghong19820118@163.com．

doi:10.3969/j.issn.1672-5565.2015.02.05

Large-scale preliminary analysis of rice gene expression mining from EST data

SONG Dongguang

(DepartmentofHorticulture,FoshanUniversity,FoshanGuangdong528231,China)

Abstract：EST sequences represent transcribed signals of gene expressions in tissues. In this study, a simple and effective method for large-scale EST analysis was developed using all rice(Oryza sativa) ESTs downloaded from NCBI for mining important information in rice development. After the blast alignment, phrap contig joining, and Unix command-line filtering, over 30 000 contigs were obtained from EST sequences. Annotations of these contigs were returned with further alignments to NCBI nucleotide databases. Anther expressions showed the most abundant in this preliminary mining from annotations for different tissues. This lays an important foundation for further investigating tissue-specific regulation of gene expression in rice development.

Keywords：Oryza sativa; EST; Blast; Phrap; Tissue-specific expression

随着功能基因组学研究的广泛开展，阐明基因表达调控网络的分子机理成为了近年来分子生物学研究的主要领域之一。获得基因活动信息的方法如EST，SAGE分析，表达芯片分析等可以提供大量的基因活动信号，并进一步从获得的各种表达数据分析构建基因调控网络。其中，EST分析获得的基因表达信息真实反映了细胞内基因活动的情况，包括基因的组织特异表达情况。大量的EST序列可以从NCBI Genbank数据库获取，研究者也能够从cDNA文库进行克隆快速测序获得，面对海量的序列数据需要有效的高通量分析工具才能提取出更多的基因表达谱信息并用于构建基因调控网络[1-3]。……