王健胜 贺军虎 陈华蕊 陈业渊

摘要：以来自不同国家的47份菠萝[Ananas comosus （L.） Merr]种质为材料，对ISSR、SSR、SCoT和RAPD 4种标记在菠萝基因组中的检测效率进行了比较。结果表明，不同分子标记检测效率差异较大，引物筛选率以RAPD最高，达到了47.06%；扩增总条带数和多态性条带数均以ISSR最高，分别为238条和222条；而多态性条带百分比最高的是SSR，达到了92.88%；在有效等位基因数（Ne）、Neis基因多样性指数（H）、Shannons信息指数（I）和多态性信息含量（PIC）方面，SCoT和SSR综合表现要优于其他标记。

关键词：菠萝[Ananas comosus （L.） Merr]；分子标记；检测效率

中图分类号：S668.3；Q789 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2015）11-2676-03

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2015.11.031

Comparison on the Detection Efficiency of Different Types of

Molecular Markers in Pineapple

WANG Jian-sheng1，HE Jun-hu2，CHEN Hua-rui2，CHEN Ye-yuan2

（1. Pingdingshan University， Pingdingshan 467000， Henan， China；

2. Tropical Crops Genetic Resources Institute， Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences， Danzhou 571737， Hainan， China）

Abstract： Taking forty seven pineapple germplasms originated from the different countries as material， the detection efficiency in pineapple genome was compared for four types of molecular marker including ISSR，SSR，SCoT and RAPD. Results showed that there was the great difference among the different types of molecular markers. The higher ratio of primer screening was found for RAPD with 47.06%； The greater number of total producing bands and polymorphic bands was all detected for ISSR with 238 and 222，respectively； SSR had the higher percentage of polymorphic bands to the total bands，and its percentage of polymorphic bands reach to 92.88%. For the effective allele number， Neis gene diversity index，Shannons information index and polymorphism information content，SCoT and SSR performed better than other molecular markers.

Key words： pineapple[Ananas comosus （L.） Merr]； molecular marker； detection efficiency

菠萝[Ananas comosus （L.） Merr]属凤梨科凤梨属，原产于南美洲，是一种重要的多年生常绿草本果树，与香蕉、芒果、椰子合称世界四大热带水果。近年来，随着世界菠萝需求量的大幅增加以及菠萝产业的快速发展，越来越多的国家开始重视对菠萝的基础研究。分子标记作为一种稳定、高效、便利的研究技术在许多植物研究中已得到了广泛的应用。与其他主要农作物相比，分子标记应用于菠萝的研究相对较晚，虽然如此，利用不同分子标记国内外学者针对菠萝也作了一些初步较好的研究。目前，包括AFLP[1，2]、RFLP[3]、RAPD[4]、SSR[5]、SCoT[6]和SRAP[7]等多种分子标记已被较好地应用于菠萝研究中。

由于不同分子标记的设计特性决定了其在菠萝基因组中具有不同的检测效率，而比较不同分子标记的检测效率对菠萝研究中分子标记方法的选择以及菠萝相关遗传研究都极为关键，但截至目前，有关此方面的研究仍未见报道。为此，利用RAPD、ISSR、SSR、SCoT对来自世界不同国家的多种菠萝种质进行了研究，着重比较了不同分子标记在菠萝基因组中的检测效率，以期为菠萝分子标记研究水平提供一定的参考。……