近年来，重庆市按照中央部署，清理规范行政事业性收费和政府性基金事项，有效减轻了市场主体负担。

2013年7月1日，市财政取消和免征47项（涉企33项）行政事业性收费，其中取消23项，免征24项，免征期限暂定1年。同时，按照财政部、国家发改委要求，从8月1日取消和免征的33项行政事业性收费中，重庆市所涉及其中的13项（涉企11项）也严格遵照执行。

2014年，进一步强化力度，一方面对行政事业性收费和政府性基金实行目录清单管理，并通过政府网站和公共媒体实时对外公开，主动接受监督。另一方面新增减免政策，将暂免小微企业管理类、登记类和证照类行政事业性收费改为长期措施；免征水生野生动物资源保护费和陆生野生动物资源保护管理费；将船舶登记费、企业注册登记费、个体工商户注册登记费等9项涉企行政事业性收费的暂缓征收执行期限顺延1年。

2015年，全面取消或暂停征收征地管理费等12项行政事业性收费；对符合条件的小微企业（含个体工商户）免征42项行政事业性收费和5项政府性基金；对非营利性养老和医疗机构建设全额免征行政事业性收费，对营利性养老和医疗机构建设减半收取行政事业性收费；免征产品质量定期检验费及取消集中绿化建设费。

目前，重庆市行政事业性收费共计132项（涉企84项），其中中央审批设立110项，市级审批设立22项，政府性基金23项。全部行政事业性收费通过非税收入收缴管理系统征收，各区县以及各部门依法收费的意识明显增强。与之伴随的是企业和社会负担得以减轻。2013年共计取消、免征行政事业性收费60项（涉企44项），共减轻企业和社会负担1.05亿元。2014年，暂缓征收船舶登记费等9项收费顺延一年以及免征水生野生动物资源保护费等2项收费改为长期措施，减轻企业负担约4100万元；2015年，取消或暂停征收征地管理费等12项行政事业性收费、对符合条件的小微企业免征42项行政事业性收费和5项政府性基金、免征产品质量定期检验费及取消重庆市设立的集中绿化建设费等措施的执行，预计减轻企业和社会负担8亿元。