王竹林 刘曙东 奚亚军

摘要 以分子标记技术为基础的作物数量性状基因（QTL）的研究成为目前作物遗传育种研究的热点。QTL定位的基本原理是分析标记基因型和数量性状值之间的连锁关系。进行QTL定位通常需要适当的分离群体，群体的表型数據，群体的基于分子标记的基因型数据，然后统计分析所有的标记基因型和表型的关系，从而在全基因组上确定所有可能的数量性状在染色体上的位置及效应。QTL分析软件winQTLCart2.0使用程序包括：数据准备、软件运行、基因（QTL）定位和分析、制图。QTL定位分析的新方法关联分析利用不同基因座等位变异（基因）间的连锁不平衡关系，进行标记与性状的相关性分析，以达到鉴定特定目标性状基因（或染色体区段）的目的，关联分析大大提高了目标性状基因或者相关QTL的挖掘和定位。

关键词 QTL；定位；winQTLCart2.0；关联分析

中图分类号 S188；Q-31 文献标识码 A 文章编号 0517-6611（2014）31-10858-03

Program of winQTLCart2.0 and New Method of QTL Analysis—Correlation Analysis

WANG Zhulin， LIU Shudong， XI Yajun

（Agronomy College， Northwest A&F University， Yangling， Shaanxi 712100）

Abstract The research of crop quantitative trait locus（QTL） based on molecular markers become a hot topic in the study of genetic breeding of crops. The principle of QTL location is analysis of chain relation between marker genotypes and value of quantitative traits. QTL positioning usually needs appropriate separation populations， phenotypic data of group， and genotype data based on the molecular markers of group. As to confirm the position and effect of all possible QTL on chromosomes in the genome， statistical analysis of genotype and phenotype will be done. Software winQTLCart2.0 always be used in QTL analysis. The program includes data preparation and the software running， gene（QTL） positioning and analysis， drawing. Association analysis which is a new method of QTL location can be used to identification of QTL or chromosome segments of specific traits using correlation analysis based on different loci alleles （genes） linkage disequilibrium between the marker and the trait. Association analysis can greatly improve the mining and locate the target character gene or QTL.

Key words QTL； Positioning； winQTLCart2.0； Correlation analysis

作物的许多农艺性状如产量、品质、抗逆性等都是数量性状，由微效多基因控制，这些基因称为数量性状基因（Quantitative Trait Locus，QTL）。传统的数量遗传学把这些微效多基因作为一个整体，用统计学方法分析其总的遗传效应，无法把微效多基因分解为一个个孟德尔因子^[1]。分子标记技术的出现和发展为高密度的遗传连锁图谱的构建提供了基础，成为作物各种农艺性状基因分析和定位的重要手段，以分子标记为基础的QTL研究是目前作物遗传育种研究的热点^[2]。自PATERSON等^[3]首次应用RFLP连锁图在番茄中定位QTL之后，国际和国内已有大量的关于QTL研究的报道。……