从江香猪基因组中2个拷贝数变异区的多态性研究
2014-09-05赵恒鑫何树芳王嘉福冉雪琴
赵恒鑫,何树芳,王嘉福,冉雪琴
(1.贵州大学 动物科学学院,贵州 贵阳550025;2.贵州大学 农业生物工程重点实验室,贵州 贵阳,550025)
从江香猪基因组中2个拷贝数变异区的多态性研究
赵恒鑫1,2,何树芳1,2,王嘉福2,冉雪琴1*
(1.贵州大学 动物科学学院,贵州 贵阳550025;2.贵州大学 农业生物工程重点实验室,贵州 贵阳,550025)
为了研究从江香猪生长和繁殖差异与拷贝数变异拷贝数变异(copy number variation,CVN)之间的关系,采用实时荧光定量PCR方法,对从江香猪和大白猪基因组中的CNVR100与CNVR373的拷贝数进行了测定,并分析了从江香猪拷贝数与生长繁育性状之间的相关性。结果表明,从江香猪和大白猪基因组中都检测到CNVR100和CNVR373;与大白猪相比,从江香猪的CNVR100拷贝数较低,CNVR373拷贝数较高;相关性分析结果显示,从江香猪2个CNVRs与其体长和胸围有一定的负相关关系,表明这2个CNVRs的多态性可能对从江香猪的生长有一定的影响。
拷贝数变异;KIT基因;嗅觉受体;从江香猪
从江香猪是20世纪70年代末期,在贵州都柳江上游与广西壮族自治区接壤山区发现的一种小型地方猪种,其中心产区在贵州从江县的宰便、秀塘、加鸠等乡镇。经过长期的自然和人为的选择,形成了从江香猪肉质优良、耐粗饲、近交不退化等特点。香猪群体个体间的生长繁育性状的个体差异较大,3~8 月龄期间平均日增重152~186 g,窝产仔数范围为5~21 头[1-2]。近年来的研究表明,基因组中存在拷贝数变异(copy number variation,CNV)现象,并导致动物的表型发生改变[3]。CNV是2004年由Iafrate和Sebat研究小组从人类基因组中首次发现[4-5],主要指基因组中1 kb以上的DNA片段的插入、缺失和/或扩增,及其互相组合衍生出的复杂染色体结构变异[6]。……
