周立前，李瑞，温在义

（1.湖南工业大学计算机与通信学院，湖南株洲412007；2.湖南工业大学理学院，湖南株洲412007）

基于碱基间隔距离模型的多瘤病毒系统发育关系分析

周立前1，李瑞1，温在义2

（1.湖南工业大学计算机与通信学院，湖南株洲412007；2.湖南工业大学理学院，湖南株洲412007）

DNA序列的碱基间隔距离分析方法可以对完全基因组序列进行较好地分析，但是对短基因序列分析的效果不佳。因此，在碱基间隔距离的基础上，提出了一种改进的DNA序列碱基间隔距离模型，并结合欧式距离，构建了70种多瘤病毒基因组的系统发育树。通过将所得系统发育树的拓扑结构与已有文献中的结果进行对比与分析，发现所获得的结果同传统方法计算的结果基本一致，验证了所提方法的有效性。

完全基因组；碱基间隔距离；欧氏距离；系统发育树

1 研究背景

基因组系统发育分析是生物信息学中基因组数据处理的一个重要方面。通过对基因组系统发育的分析，可以得出物种之间的亲缘关系与进化历程。系统发育分析方法很多，一般根据对碱基序列转换为数值序列方式的不同而将其分为序列比对方法和非序列比对方法。传统的序列比对方法主要有：基因序列重排方法[1]、编码蛋白的出现与不出现方法[2]、基因组分与完全相似性方法[3]，折叠的出现与直系同源基因方法[4]等。但是随着完全基因组数据的使用，这些序列比对方法对于大批量数据的比对不再适用[5-6]，其空间和时间复杂度一直没能达到令人满意的效果。……