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3个绵羊群体MSTN基因编码区PCR-SSCP分析

2014-03-02任有蛇白元生杨子森师周戈刘晓妮张春香

中国草食动物科学 2014年3期
关键词:小尾寒羊晋中绵羊

任有蛇,白元生,杨子森,师周戈,刘晓妮,张春香

(1.山西农业大学动物科技学院,太谷 030801;2.山西省农业厅生态畜牧产业管理站)

遗传育种

3个绵羊群体MSTN基因编码区PCR-SSCP分析

任有蛇1,白元生2,杨子森2,师周戈2,刘晓妮2,张春香1

(1.山西农业大学动物科技学院,太谷 030801;2.山西省农业厅生态畜牧产业管理站)

采用PCR-SSCP技术分析了3个不同绵羊品种(杜泊绵羊、小尾寒羊、晋中绵羊)肌肉生长抑制素(MSTN)基因的单核苷酸多态性。根据3个绵羊品种MSTN基因Exon1(P1)、Exon2(P2和P3)和Exon3(P4和P5)序列设计5对PCR-SSCP引物并扩增,经SSCP分析,P1位点检测到A和B两个等位基因,AA、AB、BB三种基因型;且在晋中绵羊上处于Hardy-Weinberg平衡状态,而在小尾寒羊和杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。P2和P5位点没有检测到多态位点。P3位点检测到A和B两个等位基因,AA、BB两种基因型;且在3个绵羊品种上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。P4位点检测到A、B和C三个等位基因,AA、AB、AC三种基因型;且在小尾寒羊上处于Hardy-Weinberg平衡状态,在晋中绵羊上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,在杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。

MSTN;PCR-SSCP;等位基因;多态性

肌肉生长抑制素(MSTN)是转化生长因子TGF-β超家族的成员之一,是广泛存在于骨骼中的一种糖蛋白。McPherron等[1]首次用简并技术从小鼠肌肉组织中分离并发现MSTN是骨骼发育的负调控因子。2002年,Miranda等[2]研究发现在肉牛中该基因的3个外显子上有9个影响氨基酸序列的变异,其中6个可以导致双肌。引进的“双肌臀”型瘦肉猪的后躯表现出类似肉牛的双肌现象。Marcq等[3]分析了比利时德克塞尔“双肌”绵羊的可能遗传机制,发现与普通绵羊相比,MSTN基因的编码

区并没有碱基差异,于是推断影响MSTN表达的区域可能在C端或N端的非翻译区或内含子部分。顾志良等[4]发现了5个SNPs位于不同品种鸡MSTN基因5′和3′调控区。杨秀琴等[5]研究发现不同品种猪的MSTN基因5′调控区有一个T>A突变。毛亮等[6]研究获得了具有免疫原性的牦牛MSTN成熟肽,为提高牦牛产肉性能提供了理论依据。李绍华等[7]研究发现猪MSTN基因的第2、3外显子区域中均存在多态性位点。诸多研究结果表明,MSTN基因是影响肌肉发育及其相关性状的一个重要候选基因。因此,本研究以杜泊绵羊、小尾寒羊和晋中绵羊为研究对象,对其MSTN基因编码区进行PCR-SSCP分析验证,筛选多态性位点,以期为进一步探明MSTN基因对绵羊的高效选育和分子标记数据库的建立、种质资源保护与利用提供遗传学依据。

1 材料与方法

1.1 试验动物和基因组DNA制备

3个不同品种(杜泊绵羊、小尾寒羊、晋中绵羊)绵羊各30只,采集血样。按照常规苯酚-氯仿抽提法提取总DNA。

1.2 引物设计

按照NCBI数据库所公布的的绵羊MSTN基因序列(DQ530260.1)上Exon1、Exon2和Exon3的序列,利用Premier 5.0软件共设计了5对引物(见表1)。由北京六合华大基因科技股份有限公司合成。

1.3 PCR扩增及产物检测

PCR扩增反应总体系为20 μL,其中10×PCR buffer 2 μL,dNTP 2 μL,上下游引物各0.5 μL,模板DNA 1 μL,Taq酶0.5 μL,灭菌双蒸水13.5 μL。扩增条件:95℃预变性5 min,94℃变性30 s,57℃退火30 s,72℃延伸30 s(30个循环);72℃延伸5 min,4℃保存。取PCR产物经1.2%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色检测扩增结果。回收纯化后由北京六合华大基因科技股份有限公司进行PCR产物序列测定验证。

1.4 PCR-SSCP分析

取2 μL PCR产物与8 μL上样缓冲液混匀,98℃变性10 min,立即冰浴10 min,用12%聚丙烯酰胺凝胶,120V恒压电泳5 h,染色,拍照。

1.5 统计分析方法

1.5.1 基因频率和基因型频率的计算 基因频率是指一个群体中某一基因对其等位基因的相对比率。

式中,Pi为第i个等位基因的频率;ii为纯合子等位基因;ij1,ij2,……ijn为与i共显的第1到n的等位基因。

基因型频率指一个群体中某一基因型占所有基因型的比率。

基因型频率=基因型个体数/测定的个体数

1.5.2 群体Hardy-Weinberg平衡状态的检验 用卡方检验的适合性检验进行检验。当df=1或理论次数小于5时,应采用矫正公式。

式中:Oi为实际观察值;Ei为理论值;n为等位基因数。

2 结果与分析

2.1 基因组DNA提取与PCR扩增

用核酸蛋白检测仪测定DNA浓度和纯度,OD260/OD280均在1.8左右。由图1可见,各引物PCR扩增大小与预期结果一致,扩增条带特异性强,可用于后续试验。

图1 MSTN基因PCR扩增结果

2.2 PCR-SSCP检测结果

从图2可知,P1位点出现A、B两个等位基因,AA、BB和AB三种基因型。由图3可知,P3位点共检测到A、B两个等位基因,AA、BB两种基因型。由图4可知,P4位点共检测到A、B、C三个等位基因,AA、AB和AC三种基因型。而P2和P5位点并没有检测到多态结果。

图2 引物P1的PCR-SSCP结果

图3 引物P3的PCR-SSCP结果

图4 引物P4的PCR-SSCP结果

2.3 MSTN基因不同位点的基因频率和基因型频率

对3个绵羊品种的MSTN基因P1多态位点进行了基因型检测,共检测到A、B两个等位基因和AA、BB、AB三种基因型。由表2可见,在杜泊绵羊中,A等位基因为优势基因,频率为0.616 7;晋中绵羊和小尾寒羊中A和B等位基因频率基本相似。就基因型分布来看,AA型在杜泊绵羊中的频率较高为0.500 0,BB型在晋中绵羊中的频率较高为0.500 0,AB型在小尾寒羊中的频率较高为0.466 7。卡方适合性检验结果表明,在P1位点晋中绵羊处于Hardy-Weinberg平衡状态,而在小尾寒羊和杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。

对3个品种绵羊的MSTN基因P3多态位点进行了基因型检测,共检测到A、B两个等位基因和AA、BB两种基因型。其基因型频率和等位基因频率的分布见表3。由表3可见,在晋中绵羊和杜泊绵羊中A等位基因占优势,其等位基因频率分别为0.633 3和0.700 0。B等位基因在小尾寒羊群体上的频率高于晋中绵羊和杜泊绵羊。卡方适合性检验结果表明,在P3位点3个绵羊品种极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。

表2 不同MSTN基因P1位点的PCR-SSCP基因型频率和基因频率分布

表3 不同MSTN基因P3位点的PCR-SSCP基因型频率和基因频率分布

对3个绵羊品种的MSTN基因P4多态位点进行了基因型检测,共检测到A、B、C三个等位基因,AA、AB和AC三种基因型。由表4可见,在晋中绵羊、小尾寒羊和杜泊绵羊3个品种中,A等位基因为优势基因,尤其在小尾寒羊中频率为0.833 3。B等位基因在晋中绵羊和杜泊绵羊中频率相似。C等位基因在杜泊绵羊中的频率较其他两种绵羊要高。就基因型分布来看,AA型在小尾寒羊中的频率较高,而在杜泊绵羊中频率较低,仅为0.100 0。卡方适合性检验结果表明:在P4位点小尾寒羊处于Hardy-Weinberg平衡状态,晋中绵羊处于Hardy-Weinberg不平衡状态,杜泊绵羊极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。

表4 不同MSTN基因P4位点的PCR-SSCP基因型频率和基因频率分布

3 讨论

MSTN是肌肉的生长发育负向调控因子,是畜禽肉质性状的主要标记基因。张晓强等[8]对晋中绵羊、小尾寒羊和杜泊绵羊3个绵羊品种的MSTN基因进行克隆测序,在编码序列上共发现了4个氨基酸突变位点,其中杜泊羊MSTN第235(H→R)和251(S→F)位点氨基酸突变,小尾寒羊MSTN第343(T→A)突变,以及在晋中绵羊第282(C→R)氨基酸的突变。本研究是在这4个点突变基础上设计引物,用PCR-SSCP技术进一步验证这些突变,分析其基因型频率,以期发现与肉用性能相关的突变位点,结果显示3个绵羊品种P1位点(外显子1)有3种不同基因型AA、AB、BB,杜泊绵羊极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态,AA基因型可能与杜泊羊肥育性能和肉品质好等优点相关。张慧玲等[9]在研究德国肉用美利奴绵羊MSTN基因外显子1时发现2种不同基因型GG和GA,该G位点可能与肉用性能相关。刘铮铸等[10]采用限制性内切核酸酶山羊MSTN基因的外显子3检测到3种基因型。Zhang等[11]用PCR-SSCP技术检测了安徽白山羊和波尔山羊MSTN基因外显子1上突变位点,该位点突变可能与生长发育相关。本研究的引物P4位点也在外显子3,检测到A、B和C三个等位基因和AA、AB、AC三种基因型;杜泊绵羊AC基因型频率显著高于小尾寒羊,杜泊绵羊群体中等位基因C频率显著高于其他两个群体。这说明在绵羊MSTN外显子3上可能存在与肉用性状相关的分子标记,但需进一步与性状关联分析,找到与生长发育和肉用性状相关的分子标记。

4 结论

杜泊绵羊Exon1上P1片段多态位点和Exon3上P4片段多态位点可能与生长发育相关。

[1]McPherron A C,Lawler A M,Lee S J.Regulation of skeletal musclemass inmice by a new TGF-βsuperfamily membe[J].Nature,1997,387(6628):83-90.

[2]Miranda ME,Amigues Y,Boscher MY,et a1.Simultaneous genotypingto detect myostatin gene polymorphism in beef cattle breeds[J].Journal of Animal Breedingand Genetics,2002,119(6):361-366.

[3]Marcq F,Elsen J M,El barkouki S.Investigating the role of myostatin in the determinism of double muscling characterizing Belgian Texel sheep[J].Animal Genetics,1998(z1).

[4]顾志良,张海峰,朱大海,等,鸡Myostatin基因的单核苷酸多态的群体遗传学分析[J].遗传学报,2002,29(7):565-570.

[5]杨秀芹,刘娣,李景芬,孙继权.猪Myostatin基因5’调控区的酶切多态性分析[J].东北农业大学学报,2002,33(3):209-212.

[6]毛亮,徐亚欧,郑玉才,等.重组牦牛肌肉生长抑制素成熟肽的纯化及其免疫原性研究[J].畜牧兽医学报,2012,43(8):1210-1214.

[7]李绍华,熊远著,郑嵘,等.猪MSTN基因多态性及其SNPs的研究[J].遗传学报,2002,29(4):326-331.

[8]张晓强,姚继广,张春香.3个绵羊品种MSTN基因多态性的比较分析[J].中国草食动物科学,2012,32(2):14-17.

[9]张慧玲,史洪才,罗淑萍,等.绵羊肌肉生长抑制素基因外显子1单核苷酸多态性分析[J].新疆农业大学学报,2007,30(4):21-24.

[10]刘铮铸,李祥龙.我国主要地方山羊品种MSTN基因的MnlⅠ酶切多态性分析[J].河南农业科学,2006,8:131-134.

[11]Zhang Z J,Ling Y H,Wang L J.Polymorphisms of the myostatin gene(MSTN)and its relationship with growth traits in goat breeds[J].Genet Mol Res,2013,12(2):965-971.

《中国草食动物科学》双月刊

《中国草食动物科学》是由中华人民共和国农业部主管、中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所主办的国家级科技核心期刊。于2012年4月由《中国草食动物》更名而成。《中国草食动物科学》为美国《化学文摘》(CA)收录期刊,中国科技核心期刊,中国农业核心期刊,RCCSE中国核心(扩展板)学术期刊;是中国科学引文数据库(CSCD)、中国科技论文与引文数据库、中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)和中国生物学文献数据库统计源期刊。

《中国草食动物科学》在原《中国草食动物》的基础上,立足西部,充分利用研究所的区位优势,提高期刊核心竞争力,建立适应市场经济体制的与国际接轨的全新办刊理念,及时、准确地反映草食动物科技进步的方向,增强在国内外同行中的影响力和竞争力,更好地满足广大科研、教学与畜牧生产者的需求,服务我国节粮型动物养殖和畜牧业发展。

《中国草食动物科学》主要刊登牛、羊、马、骆驼、鹿、兔、鸭、鹅、驼鸟、鱼等各种节粮型草食动物的最新科研成果和科技成就。主要栏目:遗传育种,繁殖与生理,营养与饲料,草地与牧草,疾病防控,专论与综述。

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PCR-SSCP Analysis on MSTN Gene in the Coding Region of Three Sheep Breeds

Ren You-she1,Bai Yuan-sheng2,ZhangChun-xiang1,et al
(1.College ofAnimal Science and Technology,Shanxi Agricultural University,Taigu 030801,China;2.Shanxi Bureau ofAnimal Husbandryand Veterinary)

The single nucleotide polymorphisms of myostatin(MSTN)gene in the three sheep breeds(Dorper sheep,Small-tailed Han Sheep and Jinzhong sheep)were analysed in this paper.According to the sequences of Exon1(P1),Exon2(P2 and P3),Exon3(P4 and P5)ofMSTN gene in the sheeps,5 pairs ofPCR-SSCP primers were designed and amplified byPCR-SSCP,The results showed that there were 2 alleles and AA,AB and BB genotypes in P1.the P1 loci in Jinzhong sheep were consistent with the Hardy-Weinbergequilibriumand in the Small Tailed Han sheep and Dorper sheep were significantlydeviated fromit(P<0.01). Polymorphism was not detected in P2 and P5.There were 2 alleles and AA and AB genotypes in P3,and three sheep breeds were significantly deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium(P<0.01).There were 3 alleles and AA,AB,and AC genotypes in P4.the P4 loci in the Small Tailed Han sheep were consistent with the Hardy-Weinbergequilibrium,in Jinzhongsheep not,and in Dorper sheep significantlydeviated fromit(P<0.01).

MSTN;PCR-SSCP;allele;polymorphism

S826.2

A

2095-3887(2014)03-0005-04

10.3969/j.issn.2095-3887.2014.03.001

2014-04-29

山西省肉羊联合育种科技合作项目

任有蛇(1970-),男,副教授,博士。

张春香(1972-),女,副教授,博士,主要从事羊遗传育种与繁殖研究。

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