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基于规则降噪技术挖掘胰腺癌用药规律❋

2014-02-09何小鹃吕爱平马超英

中国中医基础医学杂志 2014年3期
关键词:康莱特吉西氟尿嘧啶

徐 洁,郑 光,何小鹃,吕爱平,马超英

(1.西南交通大学,成都 610031;2.中国中医科学院中医临床基础医学研究所,北京 100700;3.兰州大学信息学院,兰州 730000)

随着生物医学的不断发展,大量的医学数据和信息逐渐积累,利用数据挖掘技术提取出潜在的有用知识和信息进行分析,已成为医学研究的重要方向。文本数据挖掘(Text Mining),亦称文本挖掘或文字勘探,是基于数据挖掘对文本开发的一种信息提取分析技术,可对海量数据信息进行整合、分析,以获得更具有代表性和更高可信度的结果,常用于探讨疾病治疗的用药规律[1]。

胰腺癌(Pancreatic cancer,PC)致死率高居恶性肿瘤第四位,其病人平均存活期短,只有5~6个月,5年生存率不足6%[2,3]。胰腺癌具有癌细胞易转移[4]和多重耐药性[5]等特点,严重阻碍治疗。近年来,众多研究结果显示中医药治疗胰腺癌具有独到之处,尤其是中西药结合治疗效果显著。本文利用文本挖掘技术探寻胰腺癌的临床用药规律,以期为胰腺癌的科学研究提供参考。

1 材料与方法

1.1 文本数据采集

登录中国生物医学文献数据库(Chinese BioMedical Literature Database,CBM,http://sinomed.cintcm.ac.cn/index.jsp),在“缺省”状态下,以“胰腺癌”为关键词进行检索,共得到文献10426篇(检索日期:2013/11/1),并选择“详细”和“记录号”的显示格式,以获得每篇文献的流水号、标题、摘要、主题词等信息备用。

1.2 文本数据处理

按照下载的先后顺序将收集到的数据整合到一个平面文件(TXT)中,以ANSI编码格式保存,借助专门的文本提取工具(软件著作权,软著登字第0261882号,登记号2010SR073409)对“1.1”中下载的非结构化TXT文本数据进行信息提取,以格式化形式储存于大型关系型数据库(Microsoft SQL Server,SQL)中处理。

1.3 文本挖掘及分析

文章中出现的关键词可反映文章信息,相互关联的关键词之间存在着“共同出现”的特点,其中高频协同的关键词是科研工作者分析的很好素材。因此,采用相应的算法构建针对每一篇文献中共同出现的关键词对,从而得到关键词对数据表并进行频次统计,合并相同的关键词,统计其在文献摘要中出现的频次。该频次数据表包含关键词对以及对应频次,每个关键词对仅有1个结果。

1.4 数据可视化

从关键词对频次数据表中抽取出不同频次的关键词对,采用软件Cytoscape 2.8进行可视化处理,形成可视化网络图。

1.5 基于规则降噪

人工阅读初步挖掘结果发现,异常条目通过反查原文献确认为噪音,如中药天冬具有养阴清热、润肺滋肾的功效,常用于肺燥干咳、顿咳痰黏、咽干口渴、肠燥便秘等症状,与胰腺癌治疗并无关联。然而挖掘结果显示,天冬的频数最高。因此,返回原文献查阅发现,51个天冬条目中有48条是由“天冬氨酸”中的子字符串“天冬”引起,2条由“天冬酰胺”中的子字符串“天冬”引起,1条由“半胱天冬酶”中的子字符串“天冬”引起(见表1和表2)。人工筛查发现噪音出现的规律,依据这些规律构建降噪规则,以优化挖掘结果。

2 结果

2.1 人工降噪优化结果

表1显示,初步挖掘结果显示,治疗胰腺癌的常用中药为天冬、大黄、苦参、藜芦、雷公藤、人参、薏苡仁、姜黄、柴胡和黄芪。返查原文献发现有噪音出现,人工降噪后重新进行文本挖掘优化结果(详见“2.2”)。表2显示,治疗胰腺癌的常用西药为吉西他滨、氟尿嘧啶、顺铂、5-氟尿嘧啶、生长抑素、奥沙利铂、造影剂、阿霉素、丝裂霉素、卡培他滨。返查原文献发现噪音—“造影剂”,人工降噪后重新挖掘得到新结果(详见“2.3”)。

表1 中药挖掘结果噪音确认

2.2 治疗胰腺癌常用中药和中成药使用情况

图1、2显示,雷公藤是治疗胰腺癌最常用的中药,其次为人参和薏苡仁。具有益气养阴、消肿散结功效的康莱特注射液是治疗胰腺癌最常用的中成药,姜黄素和复方苦参注射液则分别位列第二和第三。

表2 西药挖掘结果噪音确认

图1 胰腺癌常用中药使用文献频数图

图2 胰腺癌常用中成药使用文献频数图

2.3 治疗胰腺癌常用西药使用情况

图3、4显示,治疗胰腺癌的首选药物吉西他滨使用频数最高,与临床实际应用相吻合。其余西药使用频数由高到低依次为氟尿密度、顺铂、5-氟尿嘧啶、生长抑素、奥沙利铂、阿霉素、丝裂霉素、卡培他滨、奥曲肽,均为抗肿瘤的一线药物。除单独使用外,吉西他滨、顺铂、氟尿嘧啶等还多与其他西药联用,如吉西他滨常与卡培他滨、奥沙利铂等联用,顺铂常与阿霉素、丝裂霉素等联用。

图3 胰腺癌常用西药使用文献频数图

图4 胰腺癌常用西药联用文献频数图

2.4 治疗胰腺癌常用中成药和西药联用情况

图5显示,5-氟尿嘧啶多与中成药联用,包括康莱特、三妙散、舒血宁注射液、强力宁等。康莱特常与5-氟尿密度和顺铂联用。此外,康艾注射液常与吉西他滨联用。

图5 胰腺癌常用中成药和西药联用文献频数图

3 讨论

由文本挖掘结果得知,雷公藤是胰腺癌治疗最常用的中药。雷公藤主要成分雷公藤甲素是一种广谱抗癌药,其抗癌活性比传统抗癌药物顺铂、阿霉素、紫杉醇等更强[6,7]。体外研究显示,低浓度雷甲素能有效诱导胰腺癌细胞凋亡,尤其对胰腺癌耐药细胞株有杀伤作用,是极具潜力的抗癌候选药[8]。其余常用中药人参、薏苡仁、柴胡和苦参等均已证实,具有良好的抗肿瘤活性。多项研究结果表明,薏苡仁煎剂、丙酮提取物或醇提物具有明显的抑癌作用[9],尤其是薏苡仁油具有抗人胰腺癌BxPC-3细胞增殖的作用,上调IL-18表达[10]。苦参主要成分氧化苦参碱,可下调人胰腺癌SW1990细胞的血管内皮生子因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)和基质金属蛋白酶2(matrix metallo proteinases 2, MMP-2)mRNA表达,抑制癌细胞侵袭和转移[11,12]。

康莱特注射液是治疗胰腺癌最常用的中成药,其次为姜黄素和复方苦参注射液。康莱特是一种新型抗肿瘤制剂,主要成分为中药薏苡仁中提取得到的薏苡仁油。众多研究报道,康莱特可诱导胰腺癌细胞凋亡,杀伤癌细胞,同时提高免疫力[13,14]。姜黄素是从姜科植物姜黄中提取的一种酚类化合物。现代药理学研究证实,姜黄素可通过抑制Ras-ERK、shh-GLI1和STAT3等信号通路活化,进一步抑制下游靶基因表达,从而抑制胰腺癌细胞增殖并诱导细胞凋亡[15,16]。

吉西他滨、5-氟尿嘧啶和顺铂是治疗肿瘤的常用药物,其中吉西他滨是治疗胰腺癌的首选药物。由挖掘结果可得,使用频次较高的药物均是临床常用的一线抗肿瘤药物,诸如5-氟尿嘧啶、奥沙利铂、阿霉素等,与临床实际应用相吻合。

中西药联用是目前治疗胰腺癌的重要策略,合理联用中西药不仅能起到增强疗效的作用,还可降低不良反应发生率。如姜黄素联合吉西他滨或顺铂可显著抑制胰腺癌PANC-1细胞增殖,提高PANC-1细胞对顺铂的敏感性,降低药物有效治疗浓度[17]。王伟等研究康莱特联合5-氟尿嘧啶治疗人胰腺癌PC-3细胞裸鼠皮下移植瘤实验,发现康莱特显著提高胰腺癌细胞凋亡率,降低Bcl-2的蛋白质水平表达,二者联用治疗胰腺癌效果优于两药单独使用[18]。本研究结果显示,康莱特注射液常与5-氟尿嘧啶或顺铂联用。5-氟尿嘧啶广泛应用于治疗胰腺癌等在内的实体瘤,通过抑制胸苷酸合成酶活性诱导敏感肿瘤细胞凋亡。顺铂则通过结合肿瘤细胞膜上的蛋氨酸转运蛋白,阻止蛋氨酸进入胞内,进而破坏肿瘤细胞DNA合成。化疗药物多具有剂量依赖性,随着剂量的增加,患者不可避免地出现高效高毒现象。因而降低化疗药物的使用剂量,同时合理配伍中成药是治疗胰腺癌的有效途径。

本文利用文本挖掘从海量文献中探寻治疗胰腺癌的用药规律,获得的结果忠于原文献的表述。在未来的应用中,应注意筛查和去除噪音。通过审阅初步挖掘结果,若发现异常则进一步返查原文献确认是否为噪音,一旦确认为噪音则构造降噪规则,优化挖掘结果,从而提高挖掘结果的质量。

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