黄绿娥，鄢化彪

（江西理工大学，a.应用科学学院；b.理学院，江西赣州341000）

一种基于Voss映射下计算DNA序列3-周期特性的快速算法

黄绿娥a，鄢化彪b

（江西理工大学，a.应用科学学院；b.理学院，江西赣州341000）

DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征，传统的DNA序列分析中频谱计算量大占用了大量计算时间，使得分析效率极低.为提高DNA序列分析效率，针对传统频谱计算量大的问题，从3-周期特性原理出发，推导出了一种基于Voss映射下快速计算DNA序列3-周期频谱的方法.该方法有效避开计算离散傅立叶变换（DFT），从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上，极大减小基因的信噪比计算时间，提高DNA序列识别中信噪比的计算效率.

DNA序列；Voss映射；外显子；3-周期性；信噪比

生物信息学（Bioinformatics）是生命科学、计算机科学、信息科学和数学等学科交汇融合形成的一门交叉学科.它以计算机、网络为工具，用数学和信息科学的理论、方法和技术去研究生物大分子，发现生物分子信息组织的规律.DNA序列数据是生物信息学中的主要研究对象之一，通过分析DNA序列的结构特征，不仅可以明晰已有序列，而且有利于发现新序列并预测其功能，而分析DNA序列的结构最基本的方法就是DNA序列分类[1-5]. 2000年全国大学生数学建模竞赛就将其列为竞赛题目，2012年全国研究生数学建模竞赛又将其列为赛题之一，充分说明了分类的难度.近年来，许多……