韩 娜 袁哲明 陈 渊 代志军 王志明

(湖南农业大学，湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室，湖南省植物病虫害生物学及防控重点实验室，长沙410128)

1 引言

细胞毒性T淋巴细胞(CTL)作为免疫细胞T细胞家族的重要成员，在恶性肿瘤治疗中起了关键作用.1其中，与主要组织相容性复合物(MHC-I)结合的抗原短肽即CTL表位(epitopes)，对CTL特异性杀伤效应起决定作用，被广泛应用于多肽疫苗设计.因实验方法鉴定CTL表位效率较低，CTL表位测定成为此类多肽疫苗设计开发的瓶颈，发展基于计算机算法的高精度CTL表位快速鉴定意义重大.

多肽空间结构与功能本质上由其一级结构(氨基酸序列)决定，高级结构很难测定而一级结构简便易得.已有研究结果表明，处于结合状态抗原肽立体结构受HLA-A*0201影响较小，决定抗原肽与HLA-A*0201结合强弱关键在于抗原肽残基与附近HLA-A*0201残基作用大小;受体HLA-A*0201可认为不变，故抗原肽序列各位点残基差异导致它们间亲和活性不同.2因此，多肽定量序效模型(QSAM)研究在研发肽类新药特别是抗原肽疫苗方面具广泛应用前景.多肽QSAM建模的两个重要内容是回归模型选择和其一级结构表征.在回归模型选择方面，常用的多元线性回归、偏最小二乘回归、神经网络等存在诸多弊端;3−6而基于结构风险最小的支持向量回归(SVR)较好地解决了小样本、非线性、过拟合、维数灾难和局部极小等问题，模型的外部预测能力优异.4因此本研究选用SVR为基本建模工具.在多肽一级结……