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社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子分型研究

2012-11-05潘宏升荀凤娇田素飞褚云卓

中国实验诊断学 2012年2期
关键词:西林分型基因型

潘宏升,荀凤娇,田素飞,年 华,褚云卓*

(1.中国医科大学附属第一医院 检 验科,辽宁 沈 阳110001;2.辽宁省第三人民医院 检 验科)

目前,全球范围内由社区相关性耐甲氧西林金黄色 葡 萄 球 菌 (community-associated methicillinresistant Staphylococcus aureus,CA-MRSA)引起的感染呈逐年上升趋势,CA-MRSA与医院相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(hospital-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus ,HAMRSA)存在许多不同,CA-MRSA多感染无相关危险因素的健康人群,且发病年龄较轻[1]。研究发现,HA-MRSA与CA-MRSA的mec A基因的葡萄球菌基因盒(staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)的基因型不同,HA-MRSA 多为Ⅰ-Ⅲ,CA-MRSA以Ⅳ、Ⅴ型为主[1]。本文应用SCC-mec基因分型、SPA分型、多位点序列(MLST)分析等方法,从多个角度了解CA-MRSA的分子生物学特点,现将结果报告如下。

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1 菌株来源 收集2007年1月至2008年9月门诊及住院患者连续分离、不重复非痰标本CAMRSA菌株5例,其中浓汁3份,血液2份,详细情况见表1。

1.1.2 主要试剂及仪器 细菌基因组提取试剂盒,博日生物技术有限公司;Tag酶及PCR相关试剂,宝泰克大连生物科技有限公司;PCR引物,上海生工有限公司合成;脉冲场凝胶电泳试剂,美国Bio-Rad生物科技有限公司;PCR9700(Gene Amp);脉冲场凝胶电泳仪(美国Bio-Rad),HZQ-F160振荡培养箱(上海);超速低温离心机(贝克曼);紫外凝胶成像仪(美国Alpha Innotech)。

表1 5株CA-MRSA菌株来源的基本情况

1.2 方法

1.2.1 DNA模板提取 采用细菌基因组提取试剂盒,按照说明提取基因组DNA。

1.2.2 SCCmec基因分型 引物设计及反应参数等参 照 文 献[2]进 行,ClassB 上 游 引 物:5’-TATTTTTGGGTTTCACTCGG-3’,下游引物:5’-CTCCACGTTAATTCCATTAATACC-3’;ClassC上 游 引 物:5’-GAACATTGTTACTTAAATGAGCG-3’,下 游 引 物:5’-TGAAAGTTGTACCCTTGACACC-3’;Type2上游引物:5’-ATTGCCTTGATAATAGCCTCT-3’,下游:5’-TAA AGGCATCAATGCACAAACACT-3’。

1.2.3 基因序列分析 目的基因经PCR扩增阳性,片段大小与预计值相符,产物经上海生工有限公司纯化、测序,在GenBank比对确证,其中SPA分型的测 序 结 果 于 数 据 库 (http://www.ridom.de/spaserver/)中公布的重复序列进行比较,根据排列方式及次数确定型别。

1.2.4 多位点序列分型 扩增7个管家基因,引物及反应参数参照文献[3]进行,管家基因引物分别如下:arc-up:5’-TTGATTCACCAG CGCGTA TTGTC-3 ’, arc-dn: AGGTATCTGCTTCAATCAGCG;aro-up:5’-ATCGGAAATCCTATTTCACATTC-3’,aro-dn:5’-GGTGTTGTATTAATAACGATATC-3’;glp-up:5’-CATGGAACTGCAATCTTAATCC,glp-dn:5’-TGGTAAAATCG-CATGTCCAATTC-3’;gmk-up:5’-ATCGTTTTATCGGGACCATC-3’,gmk-dn:5’-TCATTAACTACAACGTAATCGTA-3’;pta-up:5’-GTTAAAATCGTATTACCTGAAGG-3’,pta-dn:5’-GAVCCTTTTGTTGAAAAGCTTAA-3’;tpi-up:5’-TCGGTCATTCTGAACGTCGTGAA-3’,tpidn:5’-TTTGCACCTTCTAACAATTGT AC-3’;yqi-up:5’-CAGCATACAGGACACCTATTGGC-3’ yqi-dn:5 ’-CGTTGAGGAATCGATACTGGAAC-3’。测序结果提交数据库 (http://www.mlst.net),比较每个多态性位点的等位基因,获得序列号(ST),与已知的MRSA流行株进行比较分析。

2 结果

2.1 SCCmec基因分型结果

5株CA-MRSA克隆株,SCCmec基因型Ⅳ型为3株(60%),Ⅴ型为2株(40%)。

2.2 多位点序列分型结果

3株SCCmec基因型Ⅳ型克隆株为ST59(19-23-15-2-19-20-15);Ⅴ型克隆株1株为ST7(5-4-1-4-4-6-3),另1株未能成功进行多位点序列分型。

2.3 SPA基因多态性分型结果

3株SCCmec基因型Ⅳ型克隆株归属为t437型(r04-r20-r17-r20-r17-r25-r34),Ⅴ型克隆株归属为t163型(r04-r20-r17-r20-r17-r45-r16-r34)和t796型(r07-r23-r21-r17-r12-r23-r02-r12-r23)。

表2 5株CA-MRSA基因分型结果

3 讨论

自从1997年在纽约首次发现社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)引起的感染以来,全球范围内关于CA-MRSA感染的报道接连不断,其较强的传播能力和定植能力及其携带的毒力基因对于疾病的发生、发展都起到了十分重要的作用,使其极易造成感染的暴发和流行,引起发病率和死亡率升高。

目前,分子流行病学研究方法在揭示病原菌的进化及遗传特性,确定某一感染暴发流行菌株或相关基因来源,追踪基因水平的转移与播散,调查院内耐药性质粒在不同细菌间播散等方面发挥重要作用。本研究确定应用三种基因分型(PFGE、MLST及SPA)方法,全面揭示CA-MRSA流行株的基因型变化趋势及流行病学特点,同时还可以为临床经济、快速、准确确证CA-MRSA感染提供方法学依据。其中,PFGE方法是进行染色体DNA分型,将基因组的整体基因片段进行分析,主要应用于近期内引发感染疾病的菌株间同源性分析,其分辨能力强,被誉为基因分型技术的“金标准”;而 MLST揭示的是菌株长期进化、变异的结果,其主要优势在于己经建立了大型数据库,可以直接将结果提交到国际网站,与已知的流行株进行比较和分析,了解不同国家和地区间菌株的遗传相关性[4];SPA基因分型方法是目前较有效地基因分型工具,操作方便快捷,从另一个角度描绘了CA-MRSA的进化路线[5]。

本次调查研究发现,3例SCCmecⅣ-t437型CA-MRSA菌株(P14、2997、E14)的 MLST基因型为ST59,均分离自沈阳及周边地区社区发病患者,因皮肤软组织感染而接受治疗,与美国、新加坡及中国台湾地区广泛传播的CA-MRSA菌株属于同一克隆株[6]。另外两株 CA-MRSA 菌株为SCCmecⅤ-t796型菌株(b811),MLST基因型为ST7,SCCmecⅤ-t163型菌株(5896)MLST未分出结果,表明此两株菌分别由不同菌株进化而来,在本地区流行传播,但目前相关报道较少,不排除境外携带者传播的可能性,随着国家和地区间经济文化交流的日益频繁,将会进一步促进CA-MRSA菌株间的互相“流通”,这就使得疾病的传播和变异进一步复杂化,对人群危害严重。

细菌对抗菌药物的耐药性不断增长问题备受世界关注,虽然CA-MRSA菌株在基因结构上仅携带对β-内酰胺类抗菌药物耐药的mec A基因,但相关资料表明CA-MRSA菌株对多重药物敏感率呈逐年降低趋势[6],本研究中的5株CA-MRSA菌株不仅对青霉素、红霉素、头孢西丁抗菌药物完全耐药,对克林霉素及头孢呋辛耐药率也较高,而且对环丙沙星、庆大霉素也有不同程度耐药,表明本地区发现的多重药物敏感率下降的CA-MRSA克隆株在不断进化发展中,适应能力在不断提高。此外,不容忽视的是CA-MRSA菌株SCCmec基因片段相对小,更容易整合其他耐药基因,很容易造成大规模的疾病流行,势必将医学界推向被动局面,形势不容乐观。有必要对耐药菌株进行耐药监测,注意耐药谱变化,研究其耐药机制,指导临床正确选择抗菌药物,防止耐药菌株扩散。

[1]Jenum PA,Walberg M,Rφnning EJ,et al.An outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus infection in a maternity ward[J].Tidsskr Nor Laeqeforen,2008,128(8):933.

[2]Kunyan Zhang,Jo-Ann McClure,Sameer Elsayed,et al.Novel Multiplex PCR Assay for Characterization and Concomitant Subtyping of Staphylococcal Cassette Chromosome mec Types I to V in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus[J].JCM,2005,5026.

[3]Mark C,Enright,Nicholas P,et al.Multilocus sequence typing for characterization of methicillin-resistant and methicillin-susceptible clones of Staphylococcus aureus[J].J Clin Microbiol,2000,38:1008.

[4]Strommenger B,Braulke C,Heuck D,et al.spa Typing of Staphylococcus aureus as a Frontline Tool in Epidemiological Typing[J].J Clin Microbiol,2008,46:574.

[5]范 红.三株社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的基因分型研究[J].中华医学杂志,2008,88:20.

[6]Gorwitz RJ,Jernigan DB,Powers JH,et al.In the CDC-Convened Experts’Meeting on Management of MRSA in the Community[C].2006.Strategies for clinical management of MRSA in the community:summary of an experts’meeting convened by the Centers for Disease Control and Prevention.

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