基于Cox半参数模型检测生存性状的印记数量性状位点
2012-10-16周晓晶方铭
黑龙江八一农垦大学学报 2012年5期
周晓晶,方铭
(1.黑龙江八一农垦大学理学院数学系,大庆163319;2.黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院)
印记基因是指子代中来源于亲本的等位基因仅一方亲本的基因表达,而来自另一亲本的基因表达总是受到抑制,导致该基因呈现单一来源表达的遗传现象。自从1991年印记现象被发现后[1],研究者在植物、动物及人类身上观测到了许多类似于印记的现象,随着基因印记研究的进展,陆续有学者基于区间定位方法提出了检测印记数量性状位点的遗传模型和统计方法[2-6]及贝叶斯定位方法[7-8]。
印记基因不但控制生长发育性状,也有可能控制生存性状。这类带有“右尾”偏态分布的性状常见于植物的开花期、动物的存活时间和死亡时间。目前,大多数定位数量性状位点的统计方法是在正态分布的假设下,显然不适于分析生存性状。因此,研究者将生存分析中非参数、参数及半参数的模型合并到检测生存性状位点的区间定位中[9-11]。基于加速失效模型,Cheng和Tzeng提出了参数和半参数的区间定位方法[12]。而这两种方法都涉及到误差分布的选择。采用Cox比例风险模型和偏似然函数方法的一个明显优势就是避免了选择经常令研究者“讨厌”的基线风险函数,其复杂的估计通常都比较耗时。Fang基于Cox比例风险模型,提出了在偏似然函数的框架内表征数量性状位点的方法[13],但他采用的最小二乘算法估计QTL参数,即用QTL基因型指示变量的先验概率的数学期望去估计指示变量,而这个过程中会产生“误差膨胀”。……
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