基因芯片分析IFRD1表达沉默后肝癌细胞周期相关基因表达的变化
2012-08-21方肇勤管冬元吴中华
胡 卫,方肇勤,梁 超,管冬元,吴中华
(1.三峡大学医学院,湖北 宜昌 443002;2.上海中医药大学基础医学院,上海 201203)
IFRD1(interferon-related developmental regulator 1,干扰素相关发育调节因子1)基因位于人染色体7q22~q31,含12个外显子,核酸长度2604kb,该基因编码的蛋白质由453个氨基酸组成。已有资料表明,IFRD1在多种细胞中表达,尤其在组织增生或再生中显著表达,提示该基因可能具有促进组织增生的作用[1~3]。由于 IFRD1基因在上皮细胞、成肌细胞、造血细胞、神经细胞等多种组织和细胞分化中均扮演一定的角色[4~6],推测其可能是一个核蛋白,具有转录调控作用。我们前期研究发现,该基因在DEN诱发大鼠肝癌组织中表达升高,经 RNA干扰实验证实,该基因与肝癌细胞SMMC-7721的恶性增殖有关[7]。为进一步探讨其在肝癌发生发展中的作用及机制,我们采用基因芯片检测了该基因表达下调后人肝癌细胞基因表达谱的改变,本文重点关注细胞周期通路相关基因的变化。
1 材料
1.1 细胞株
人肝癌SMMC-7721细胞,购自中科院上海细胞生物所。
1.2 主要试剂和耗材
细胞培养耗材均为corning公司产品,主要试剂有 Trizol(GIBCO BRC)、RNeasy Mini Kit(QIAGEN)、脂质体lipo2000(Invitrogen);实时荧光定量PCR试剂盒(TAKARA,SYBR Premix Ex Taq:Perfect Real Time)、人类表达谱芯片(Affymetrix U133 Plus 2.0 array)、转染载体(pSilencerTm2.1-U6 neo质粒)和BamH I与Hind III限制性内切酶均为Ambion公司产品。
1.3 主要仪器
实时荧光定量PCR仪为GENE公司的Rotor-Gene 3000;酶标仪为 BIO-TEK公司的 ELX8001.3仪器。Agilent-bioanalizer 2100以及 Affymetrix的芯片杂交炉、芯片洗涤系统、芯片扫描仪等。
2 方法
2.1 人肝癌细胞SMMC-7721的培养及脂质体转染
肝癌细胞常规培养,转染前1d取生长对数期的细胞,消化后离心收集细胞并计数,重新用含血清不含抗生素的培养液稀释细胞并分别等量加入新的培养皿中。……
