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KDR等6个基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关研究

2012-08-08吴宪文金鹏程王守志

东北农业大学学报 2012年12期

吴宪文,金鹏程,王守志,张 慧,李 辉

(农业部鸡遗传育种重点实验室,东北农业大学动物科技学院,哈尔滨 150030)

试验前期通过鸡腹脂性状的全基因组关联分析(GWAS)鉴定出多个与鸡腹脂性状显著相关的多态性位点,其中6个位点分别为rs14483313(命名来源于60 K SNP芯片,下同)位于Ⅲ型酪氨酸激酶受体(a type III receptor tyrosine kinase,KDR/FlkⅠ/VEGF-2)上;rs13548811位于鸡肿瘤候选抑癌基因3(Tumor suppressor candidate 3,TUSC3)上 ;GGaluGA262999位于磷酸核糖焦磷酸转氨酶(Phosphoribosyl pyrophosphate amidotransferase,PPAT)上;GGaluGA263078位于胞外复合体成分1(Exocyst complex component 1,EXOC1)上;GGaluGA176566位于v-myb鸟类成髓细胞血症病毒致癌基因同系物2(v-myb myeloblastosis viral oncogene homolog(avian)-like 2,MYBL2)上;rs14482748位于 KIAA 1211上;这些位点的多态性与肉鸡高、低腹脂双向选择品系第11世代的腹脂重和腹脂率显著相关。

本研究对6个多态位点在高、低脂肉鸡双向选择品系第14世代群体和AA随机群体中进行SNPs检测和关联分析,旨在研究这6个基因的多态位点与鸡生长和体组成性状的相关性,从而为后续开展相关基因的功能研究和寻找可用于肉鸡育种的分子标记奠定基础。

1 材料与方法

1.1 鸡群和性状的测定

以东北农业大学动物科技学院选育的高、低脂肉鸡双向选择品系第14世代群体(NEAUHLFG14)612个体(高脂系320个体,低脂系292个体)和AA肉鸡商业随机群体386个体为试验材料。试验鸡群按常规方法进行饲养管理,7周龄时翅静脉采血,EDTA-Na2抗凝,酚∶氯仿抽提DNA之后,TE溶解,-20℃保存。测定1、3、5、7周龄体重(Body weight,BW)、屠体重(Carcass weight,CW)、腹脂重(Abdominal fat weight,AFW)、腹脂率(Abdominal fat percent,AFP)(腹脂重/体重)、肝脏重(Liver weight,LW)、心脏重(Heart weight,HW)、脾脏重(Spleen weight,SpW)、睾丸重(Testicle weight,TeW)、极低密度脂蛋白浓度(Very low density lipoproteins,VLDL)。

1.2 引物设计

结果见图1。

表1 引物序列Table 1 Primer sequences

根据本实验室鸡腹脂性状的全基因组关联分析提供的多态性位点数据和鸡基因组测序结果(www.genome.ucsc.edu),使用Primer 5.0软件设计6对引物用于多态性检测,引物由北京英骏生物公司合成,如表1所示。……

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