鸽圆环病毒福建株全基因组序列分析
2011-08-21万春和程龙飞傅光华施少华陈红梅
万春和,黄 瑜,程龙飞, 傅光华, 施少华, 陈红梅
(福建省农业科学院畜牧兽医研究所,福州 350013)
圆环病毒科(Circoviridae)包括2个属:圆圈病毒属(Gyrovirus)和圆环病毒属(Circovirus)。圆圈病毒属只有鸡贫血病毒(Chicken infectious anemia virus, CIAV)一个成员;而圆环病毒属目前有包括猪圆环病毒(Porcine circoviruses, PCV1 、PCV2)I型和II 型、鹦鹉喙羽病毒(Psittacine beak and feather disease virus, BFDV)[1]、鸽圆环病毒(Pigeon circovirus, PiCV)[2]、鹅圆环病毒(Goose circovirus,GoCV)[3]、鸭圆环病毒(Duck circovirus, DuCV)[4]、金丝雀圆环病毒(Canary circovirus,CaCV)[5]、渡鸦圆环病毒(Raven circovirus, RaCV)[6]、八哥圆环病毒(Starling circovirus,StCV)[7]、雀圆环病毒(Finch circovirus, FiCV)、鸥圆环病毒(Gull circovirus,GuCV)[8]和天鹅圆环病毒(Mute swans (Cygnus olor)circovirus, SwCV)[9]等。
鸽圆环病毒(GoCV)最早于1993年在美国报道[10],此后在加拿大[11]、澳大利亚[12]、德国[2]、英国[3]、法国[13]、比利时[14]、意大利[15]和美国[16]均发现有感染报道。余旭平等[17,18]最早在中国浙江省检测到鸽圆环病毒感染,并对浙江省鸽圆环病毒的基因组结构进行分析。本文根据GenBank登录已发表的PiCV序列设计引物,对来自福建省某信鸽养殖厂送检病料进行PiCV检测,通过反向PCR技术获得全长基因序列,并进行生物信息学分析。
1 材料与方法
1.1 主要试剂蛋白酶K(Proteinase K)和十二烷基硫酸钠(SDS) 购自Sigma公司;DreamTaq Green PCR Master Mix购自Fermentas公司;DNA Marker(DL2000)和pMD18-T载体均购自宝生物工程(大连)有限公司;胶回收试剂盒、质粒纯化试剂盒均购自Omega;大肠杆菌DH5α感受态细胞自制。
1.2 病料处理及核酸提取参考文献[19],实验病料为来自福建省某信鸽场,采集送检信鸽肝脏和脾脏。将组织以无菌PBS(pH 7.4)1: 5按常规方法匀浆后,反复冻融3次。提取鸽圆环病毒基因组DNA步骤:取1 mL组织匀浆液于室温10 000×g离心5 min,取540μL上清,加入60μL 10% SDS于37℃水浴作用30 min,加入15μL蛋白酶K(20 mg/mL),混匀后于56℃水浴作用2 h,间或摇匀。取出后分别置于95℃ 和-20℃各5 min后,加入等体积Tris饱和酚,混匀后静置15 min后,4℃ 12 000×g离心10 min。……
