金银花中绿原酸及其异构体三维结构的生物信息学研究
2011-07-14谭亚芳陕西中医学院药学院西安712046
沈 霞 谭亚芳 刘 清 陕西中医学院药学院 (西安 712046)
金银花是我国中医临床常用的中药之一。有研究表明,金银花中主要的抗病毒成分为绿原酸。绿原酸主要存在于茎皮类药用植物中,具有广泛的药理作用[1]。绿原酸具有抗菌、抗病毒、增高白血球、保肝利胆、抗肿瘤、降血压、降血脂、清除自由基和兴奋中枢神经系统等作用。有文献报道绿原酸对常见呼吸道病毒有较强的抑制作用[2]。绿原酸除具有抗病毒作用以外,还能够通过诱生 a-IFN,达到多种免疫调节作用。然而,尚未见到有关绿原酸三维结构构效关系的研究报道。
计算机辅助药物设计的方法始于 1980年代早期,是应用量子力学、分子动力学、构效关系等基础理论数据研究药物对酶、受体等的作用的药效模型,从而达到阐明药物作用的分子机制,并在此基础上设计药物目的[3,4]。本研究应用 SYBYl软件优化并得到绿原酸及其异构体的三维结构,在此基础上采用计算机辅助的药物设计中的结合位点分析法研究金银花中抗病毒成分绿原酸及其异构体的结构差异。本研究拟阐明绿原酸及其异构体结构主要差异,为设计、筛选抗流感病毒的先导化合物奠定结构基础。
1 实验部分 1.1 绿原酸及其异构体二维结构的获得 首先通过 CHEM LINK数据库(http://www.chemblink.com/asp/searching.asp)得到绿原酸(CAS NO:327-97-9),新绿原酸(CAS NO:906-33-2),隐绿原酸(CAS NO:905-99-7),绿原酸半水化合物(CAS NO:6001-76-9)二维结构的平面图。
1.2 三维结构的优化 首先,使用 chembiodraw软件将绿原酸及其异构体分子的平面结构画出来,将此三维结构直接导入 SYBYL软件中。……
