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基于两个核基因序列研究龟鳖类的系统进化特征

2011-06-06郑将臣万全程起群赵金良

大连海洋大学学报 2011年5期
关键词:分析系统研究

郑将臣,万全,程起群,赵金良

(1.中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;2.安徽农业大学动物科技学院,安徽合肥230036;3.上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室,上海201306)

全世界现有龟鳖类动物约14科、324种[1]。目前,国外关于龟鳖目分子系统学的研究较多[2-10],国内对这方面的研究相对较少,且大多数是基于龟鳖类线粒体的研究[11-15],而用核基因来分析龟鳖类系统进化的研究鲜见报道。RAG2是重组激活基因 (Recombination activatinggenes,RAGs)的一种。RAGs在脊椎动物中普遍存在,在进化过程中非常保守,不同物种之间其碱基组成变化很少,近年来被较多地运用于物种进化和亲缘关系的分析[16-20]。RNA 指纹蛋白 35(RNA fingerprint protein 35,R35)也是一种核内基因,目前关于这个蛋白的功能尚不明确,但是RNA指纹蛋白35基因被认为是单拷贝基因[21],因此,国外已有若干学者运用RNA指纹蛋白35基因作为标记来研究龟鳖类动物的系统进化[7,22]。

本研究中,作者测定了两种龟的R35内含子序列和6种龟的RAG2部分序列,并结合NCBI上其它龟鳖类的相关序列,以此来初步探讨龟鳖类的系统进化特征。

1 材料与方法

1.1 材料

在安徽省长江水生动物保护中心采集6种龟的样品,每种龟各取1只个体的肌肉组织保存于冰箱(-20℃)中备用。龟鳖类分类地位均依据国际龟类动物分类工作组2009年修订的最新分类系统[1]。

1.2 方法

1.2.1 基因组DNA提取、PCR扩增和测序 基因组DNA采用标准的酚/氯仿法提取[23],略作修改。R35基因扩增采用引物R35EX1和R35EX2[22],序……

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