谭左平, 徐红林, 王士同＊, 堵国成

(1.江南大学信息工程学院,江苏无锡 214122;2.江南大学工业技术教育部重点实验室,江苏无锡 214122)

基于能量因子的基因调控网络重构

谭左平1,2, 徐红林1, 王士同＊1, 堵国成2

(1.江南大学信息工程学院,江苏无锡 214122;2.江南大学工业技术教育部重点实验室,江苏无锡 214122)

重构基因调控网络有助于探索生命系统的本质问题。线性组合模型以其形式简单和易于求解的特点被成功应用于基因网络的重构过程中。作者针对线性组合模型只考虑了基因之间的线性调控关系的缺陷,引入了能量因子的概念,从而使得模型具备了分析基因间的非线性调控关系的特性。将模型应用于大肠杆菌(Escherichia coli)的SOS DNA修复过程中,实验证明:该模型能较好地拟合大肠杆菌的SOS DNA修复过程,进一步提高了调控网络的构建精度。

基因表达;能量因子;调控网络;DNA修复

20世纪50年代DNA双螺旋结构的发现揭开了分子生物学的新时代。自此,在分子水平上研究基因和基因表达,促进了生物学的发展[1]。总的来说,一个基因的表达受其他基因的影响,而这个基因又影响其他基因的表达,这种相互影响相互制约的关系构成了复杂的基因表达调控网络。更一般些,几乎所有的细胞活动都被基因网络所控制[2]。

分子生物学的主要挑战是如何更好地理解基因间的调控机理,基因调控的研究是后基因组时代的核心内容,是系统生物学的主要研究内容,基因调控网络是生命功能在基因表达层面上的展现。……