男男性行为人群HIV-1基因序列测定和亚型分析
2010-06-07刘丽花卜宪岭李卫红马学志周红王莹莹刘晓松党静刘淑君
刘丽花 卜宪岭 李卫红 马学志 周红 王莹莹 刘晓松 党静 刘淑君
我国艾滋病传播渠道正在转变为以性传播为主,男男性接触者(men who have sex with men,MSM)HIV感染率已由2005年的0.4%上升到目前的4.9%,最高的地区甚至达到15%[1],成为继静脉吸毒人群、有偿献血人群之后的第三大易感人群。为了解MSM人群中HIV-1的亚型分布特点,从分子水平阐明HIV-1流行线路和流行时间,指导对该人群的干预措施的设计和实施工作,对石家庄市2006至2008年报告的MSM感染者的HIV-1 env基因的C2-V3区进行了基因序列测定和分析。
1 资料与方法
1.1 一般资料 51例均经HIV抗体初筛与确认(WB)试验证实为HIV-1抗体阳性的MSM。年龄18~50岁,平均年龄26岁;本市37例,本省其他市10例,外省4例。进行流行病学调查的同时采集0.15%乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝血5 ml,-20℃保存备用。
1.2 前病毒DNA的提取 取200 μl全血,使用QIACGEN公司QIAamp Blood DNA试剂盒提取前病毒DNA,-20℃保存备用。
1.3 基因片断的扩增 用nest-PCR对HIV-1env外膜蛋白基因C2-V3区及邻近基因区668 bp进行扩增。以ENV-D5、ENVD12为外侧引物进行第1轮PCR反应,25 μl反应体系(10×buffer 2.5 μl,dNTP 浓度 200 μmol/L,Taq 酶 1.25 U,引物浓度0.5 μmol/L,核酸样本 5 μl),反应条件为 94℃ 5 min,54℃1 min 30 s,72℃ 2 min,3 个循环;94℃ 40 s,54℃ 1 min,72℃1 min,35个循环;72℃ 15 min。取 5 μl第 1 轮反应产物,以ENV7、ENV8为内侧引物,50 μl反应体系,反应条件为 94℃5 min,50℃ 1 min 30 s,72℃ 2 min,3 个循环;94℃ 30 s,50℃40 s,72℃ 1 min,35个循环;72℃ 10 min进行第2轮 PCR反应。扩增引物见表1。

表1 PCR引物序列表
1.4 目的片段的回收、纯化及测序PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳观察,选取阳性结果送往上海生工生物工程技术服务有限公司纯化并测序,测序引物为ENV7/ENV8。
1.5 序列分析 根据测序结果,用美国Los Alamos国家实验室HIV核酸序列库中提供的基因分型工具BLAST程序结合系统树分析进行基因型鉴定;用Clustlx软件进行序列排列和比较,用MEGA3.1软件的Neighbor-joining法进行系统树分析,利用Distance程序计算基因距离。……
