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江西省部分地区鸭圆环病毒的检测与分子特点

2020-07-13杨行韩瑞张文波殷贵虎唐云云

畜牧与兽医 2020年7期
关键词:养鸭进化树核苷酸

杨行,韩瑞,张文波,殷贵虎,唐云云

(江西农业大学动物科学技术学院,江西 南昌 330045)

鸭作为主要家禽之一,是我国传统和特色养殖业的重要组成部分。随着国内外市场需求旺盛,鸭养殖量和规模不断增加,引种和交易频繁,从业人员素质参差不齐,使疫病带来的经济损失风险也愈加明显。如何科学防控疫病、降低风险是目前养鸭业面临的重要问题。

圆环病毒病是一种危害巨大的免疫抑制疾病,可感染多种动物,主要导致动物机体免疫系统损失,并引起严重的继发感染,给养殖业造成了严重的经济损失[1]。圆环病毒是无囊膜的单股DNA病毒。鸭圆环病毒(duck circovirus, DuCV)由德国学者HATTERMANN等[2]在2003年首次报道,是目前已知感染鸭最小的病毒,目前仍无人工培养成功的报道。基因组与分子遗传学研究表明,DuCV可分为2 个基因型:DuCV-1、DuCV-2,核苷酸序列相似性低于92%,编码氨基酸相似性低于73%,其致病力差异明显,DuCV-1 是国内主要的致病基因型[3-5]。鸭圆环病毒病(duck circovirus disease,DCVD)是由DuCV引起鸭的一种慢性消耗性和免疫抑制性传染病,主要表现为鸭体生长不良、鸭体器官萎缩以及继发严重的细菌感染,给鸭场造成严重经济损失[6]。国内外多次报道此病,也进行了大量的研究,但DuCV致病机制仍不清楚,也无商品化的疫苗,因此了解该病的流行情况、病毒的分子特点等,对科学防控该病有着重要的实际意义。

江西省是国内重要的养鸭区域之一,是省内部分地区重要的产业,老病未除、新病不断发生,给养鸭业造成极大的损失。关于黄病毒病、鸭腺病毒感染等报道较多,但对DuCV的流行情况和分子特点报道较少。本试验对江西省养鸭集中的部分地区的8个规模化养鸭场病死鸭的DuCV分子流行情况进行初步调查,并对核苷酸序列进行系统进化树及相似性分析,初步了解DuCV的分子流行情况和毒株基因型,丰富了江西地区DCVD流行病学资料,对江西地区鸭圆环病毒病等鸭病防控具有一定的参考意义。

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1 病料

江西省3个地区(抚州、九江、宜春)内8个养殖规模较大的鸭场的病死鸭,无菌采集肝脏、肺脏和法氏囊共42份, -80 ℃保存。

1.1.2 试剂

病毒基因组DNA抽提试剂盒(上海生工生物工程有限公司);DNA 2000 Maker(全式金生物科技有限公司);2× FastTaqPreMix(tolobio)。

1.1.3 引物合成

根据GenBank上登录的DuCV全基因组序列和文献[7]进行设计:DuCV-F:5′-TTA CRG GCG MTT GTM CTC- 3′,DuCV-R:5′-TAM TTG RTT TCM GCG GXA- 3′,扩增片段大小605 bp,由上海生工生物工程有限公司合成。

1.2 方法

1.2.1 组织DNA提取

参照病毒基因组DNA抽提试剂盒说明书进行操作。

1.2.2 PCR

以提取的病毒DNA为模板,PCR反应体系为25μL:2×FastTaqPreMix 12.5μL,上下游引物各0.5μL, dd H2O 10.5μL;PCR反应程序为:95 ℃预变性5 min,94 ℃变性40 s,54 ℃退火40 s,72 ℃延伸25 s,35个循环;最后72 ℃ 8 min。PCR产物经1%琼脂凝胶电泳检测。

1.2.3 序列测定

5个阳性检出鸭场各选择1份阳性PCR产物送上海生工生物工程有限公司进行序列测定。

1.2.4 序列分析及进化树绘制

在线BLSAT比对分析所测序列,利用MEGA 10和DNAstar软件分析所测序列与已发表DUCV相应序列的相似性,并绘制系统进化树。参考的序列信息见下表(表1)。

表1 文章所用序列信息表

名称登录号基因型来源年份D12MR021KC851823.1DuCV-1韩国2014AQ0901GU014543.DuCV-1南京2009GX180511MK814578.1DuCV-1广东2019GX190510MK814581.1DuCV-1广西2019JSPX03EMF627688.1DuCV-1山东2018WF0803GU131342.1DuCV-1山东2009DU095HM162349.1DuCV-1北京201133753-52DQ100076.1DuCV-1美国2007DUCVAY228555DuCV-1德国2003FC35/2012KC460527.1DuCV-1广西2014NN13/2012KC460532.1DuCV-1广西2014GX190512MK814583.1DuCV-1广东2019YN190415MK814589.1DuCV-1广东2019SDLY0201MF627690.1DuCV-1山东2018TC1/2002AY394721.1DuCV-2台湾2006YN180505MK814584.1DuCV-2云南2019WS-GD01FJ554673.1DuCV-2广东2009DUCV-FuJian-2011KF726087.1DuCV-2福建2011GX1104JX241046.1DuCV-2广西2011GD190401MK814575.1DuCV-2广东201911-1KF941310.1DuCV-2广东2014

2 结果

2.1 DuCV的PCR检测

将提取的病毒DNA进行PCR,扩增产物经1%琼脂凝胶电泳。结果,部分样品在约600bp处有明显的条带,与预期大小基本一致(图1)。8家规模化鸭场,5个场有阳性样品检出;采集的42份样品,18份为阳性样品,阳性率为42.9%(表2)。

M.DL2000 DNA Marker;1,2.阴性样品;3~8.阳性样品;9,10.阴性样品

图1 部分样品DuCV的 PCR检测结果

表2 8个规模化鸭场的DuCV感染情况

养殖场12345678总计病料数5442838842检出数3430305018阳性率/%6010075037.5062.5042.9

2.2 序列测定与分析

送检5份样品进行序列测定。结果,序列长度均为605 bp (分别命名为:JX-DuCV1,JX-DuCV2,JX-DuCV3,JX-DuCV4,JX-DuCV5),BLAST比对分析,所测序列与GenBank上登录的DuCV-1相应序列的相似性均在95%以上,而与DuCV-2相应序列的相似性均在85%~89%之间。

2.3 相似性及系统进化分析

系统进化树结果显示,5株DuCV均属于DuCV-1型,其中JX-DuCV2、JX-DuCV4与DuCV 1b亚型位于同一进化分支,JX-DuCV1、JX-DuCV3和JX-DuCV5与DuCV 1a亚型位于同一进化分支(图2)。

图2 DuCV部分序列系统进化树分析

核苷酸相似性分析,5株DuCV基因片段核苷酸序列之间的相似性均在97%以上,且与参考的DuCV-1型相应核苷酸序列相似性均在95%以上,与参考的DuCV-2型核苷酸序列相似性均低于90%,见图3。

图3 DuCV部分核苷酸相似性分析

将所测的序列与GenBank中登录的DuCV-1型和DuCV-2型相应序列进行比对分析。结果, DuCV-1型和2型间有多个核苷酸位点不一致;所测序列中JX-DuCV4的25位核苷酸和38位核苷酸与DuCV-2型一致,43位与DuCV-2型均缺失1个核苷酸A,其他位点均与DuCV-1型的位点一致;其他所测的4条序列均与DuCV-1型的位点变异一致(表3)。

表3 所测DuCV序列片段、DuCV-1型、DuCV-2型相应序列的突变位点分析

核苷酸位点DuCV-1DuCV-2JX-DuCV4核苷酸位点DuCV-1DuCV-2JX-DuCV425缺AA363TG28GA365TG32AT366CG37CG367CT38TGG382TC39TAG383GC40AG385TG41GC410AC43C缺C412GC44A缺433GC55GT436GT61CT

3 讨论

2003年HATTERMANN等[2]首次报道鸭圆环病毒病及DuCV,2006年CHEN等在中国台湾检测到该病毒[8],随后在山东、广西、浙江、广东等省也陆续报道了该病[9-12]。DuCV可感染各种日龄及各种品种的鸭,感染后可导致免疫抑制,鸭群单独感染DuCV后死亡率不高[13],但易引起细菌和病毒性疾病的继发感染而导致死亡率升高。粟裕琼等[14]对DuCV阳性样品进行多种疾病的检测,发现DUCV单独感染仅占18.42%,多重感染占81.58%。DuCV对养鸭业危害较大,且常以隐性感染存在,容易被忽视,造成严重损失,因此,在生产过程中需对DuCV加强关注。

DuCV是一种新发现的病毒,其研究还不深入,目前没有合适的体外培养体系;其诊断方法包括血清学检测方法及病原学检测方法,其中PCR具有较强的敏感性、易操作,且成本较低,适合分子流行病学调查。本试验中,通过对江西省8个规模化鸭场的病死鸭样品进行DuCV的PCR检测,结果,42份样品中有18份阳性样品检出,总阳性率为42.9%,且8个养殖场中有5个鸭场有阳性样品检出,表明江西省规模养鸭场的圆环病毒阳性场比率较高,且病死鸭中的检出率达到42.9%,应引起养鸭场的足够重视。孙文超[15]对云南及广西鸭圆环病毒检测阳性率为5%;屈素洁等[16]对广西3个市DuCV检测阳性率为18%。本试验结果表明,江西地区DuCV阳性率要高于其他省份的研究报道,说明DuCV在江西地区流行较为广泛。

根据核苷酸序列差异,可将DuCV分为DuCV-1型和DuCV-2型,DuCV-1型又可分为1a、1b和1c 3个亚型[17];DuCV-1型和DuCV-2型在多个核苷酸位点存在差异。本课题组前期对DuCV-1型和DuCV-2型的全基因组进行比对分析发现,在DuCV基因组的5′端非编码区和相邻的部分ORF1片段(605 bp),变异性较大,用该片段构建系统进化树与用全基因组构建的进化分析树基本一致,故本试验选择该片段进行DuCV的检测靶标和分析。

本试验对5家阳性场各随机选择1份阳性PCR产物进行测序,并将测序结果构建基因系统进化树及核苷酸相似性分析。5株DuCV均为DuCV-1型,JX-DuCV2与JX-DuCV4属于1b亚型,JX-DuCV1、JX-DuCV3和JX-DuCV5属于1a亚型;核苷酸序列相似性分析显示,5株DuCV相似性均在97%以上,与DuCV-2型相似性均在90%以下。结果表明,江西省内鸭场DuCV以DuCV-1型流行为主,且分为2个亚型,与国内其他研究报道有一定差异。李志国[18]、王鑫[19]均检测出了明显的DuCV-1与DuCV-2共感染,这可能与采样数量及地区差异有关。

本试验在剖检病死鸭过程中,发现部分鸭存在明显的细菌继发感染,导致用药效果不佳,表明DuCV可能是某些细菌感染或病毒性疾病暴发的诱因。因目前尚无预防鸭圆环病毒病的疫苗,且流行程度较高,所以在养鸭过程中必须加强对DuCV的重视度,加强种鸭、种蛋、孵化、养殖等过程中的饲养管理及对各种疾病的科学防控,避免DuCV感染导致其他疾病暴发,减少经济损失。

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