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临床患者血培养分离出卡明斯假谷氨酸杆菌的全基因组测序及基因功能分析

2023-06-07杨旭东刘泽世西安交通大学第二附属医院检验科西安70004西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系西安7006

现代检验医学杂志 2023年3期
关键词:数据库

许 楠,杨旭东,田 莹,刘泽世,薛 丽,高 宁,耿 燕(.西安交通大学第二附属医院检验科,西安 70004;.西安交通大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系,西安 7006)

卡明斯假谷氨酸杆菌(Pseudoglutamicibacter cumminsii)是一种需氧、过氧化氢酶阳性的革兰阳性杆菌,其属于球杆菌属,主要分布于土壤中(Comn H J and Dimmick 1947)[1]。卡明斯假谷氨酸杆菌较少感染人类,以往从患者体内分离出的卡明斯假谷氨酸杆菌主要来自尿液和皮肤[2],其他组织样本中尚未分离出。卡明斯假谷氨酸杆菌菌落直径通常为2~3 mm,具有湿润、光滑、灰色不透明等特点,血平板上生长无溶血环。近年来第三代基因组测序技术已被广泛应用于生物基因组的分析,但目前尚无卡明斯假谷氨酸杆菌的基因组研究报道。与传统及质谱法相比,全基因组测序不仅可鉴定微生物种类,而且可提供其代谢特点、致病基因以及耐药基因等信息,可为抗感染治疗提供更有价值的指导意见。本研究对一株从腹膜间皮瘤患者血液中分离出来的卡明斯假谷氨酸杆菌进行了全基因组测序及序列分析,以了解卡明斯假谷氨酸杆菌的代谢特点和致病性。

1 材料与方法

1.1 研究对象 患者男性,36 岁,因3月前无明显诱因出现乏力,加重7 天,体重减轻、下腹痛、以及体温升高等,于2018年5月1日入西安交通大学第二附属医院接受治疗。入院前行腹部CT 及腹部彩超,提示腹腔积液、下腹及右侧腹部混合性包块。后对腹膜肿物穿刺取样进行活检,确诊腹膜间皮瘤。予以培美曲塞+卡铂方案化疗,化疗2 周期。……

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