张文洋，张 胜，易干军，晏石娟

（1.广东省农业科学院农业生物基因研究中心/广东省农作物种质资源保存与利用重点实验室，广东 广州 510640；2.康奈尔大学生物技术研究所，美国 伊萨卡 14850；3.广东省农业科学院，广东 广州 510640）

植物由于其固着的生长方式，一直暴露于自然环境的各种压力中［1］。为了应对这些挑战，植物已经进化出复杂的机制来感知外部胁迫并触发生理、分子和细胞水平的多层次反应［2-3］。构建如此复杂且精细的信号调节网络需要数千种分子的协作，在较早的研究中，人们对核酸、蛋白质、代谢物进行鉴定和量化，试图阐明代谢调控机理［4-5］。然而单纯的丰度变化信息所能提供的证据有限，仅能大致预测各种分子之前的潜在联系，却难以成为它们之间相互关联的直接证据，也无法确认这种关联是直接还是间接的，而且很多分子发挥功能并不需要体现在丰度的改变［6］。分子间的物理相互作用是一切信号转导、代谢调控的基础，蛋白质或代谢物可对外部刺激迅速作出反应，通过与其他代谢物和蛋白的相互作用推动细胞调节过程以维持细胞和生物体的稳态［7］。

过去10 年，受益于样品制备技术的改进和质谱仪、谱图检索算法的更新迭代，基于质谱的组学技术已能胜任对各类生物的代谢物及蛋白质进行全局的定性定量分析。在这些技术的基础上，还不断衍生出多种用于表征分子间相互作用的组学技术。为区别于常规的定量蛋白质组学技术，这类旨在鉴定及量化蛋白质与其他分子之间相互作用的技术被定义为“蛋白质互作组学技术”［8］。……