基于生物信息学方法对胰腺癌发生发展关键基因的筛选
2022-09-21陈科洪潇冯彦超应伟李文菠李钊赵敬兵汪杰周国俊冷政伟
陈科 ,洪潇 ,冯彦超 ,应伟 ,李文菠 ,李钊 ,赵敬兵 ,汪杰 ,周国俊 ,冷政伟
1 川北医学院附属医院肝胆外科,四川南充 637000;2 川北医学院附属医院肿瘤干细胞研究中心
胰腺癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,恶性程度极高,5 年总生存率不足8%[1]。胰腺癌起病隐匿,早期发现率极低,确诊时多处于中晚期进展阶段,失去根治性手术机会。目前全世界胰腺癌的诊治现状不容乐观,手术联合辅助化疗是目前可切除胰腺癌的最有效的治疗手段,但仅有20%的患者可行手术治疗,术后易复发和转移,根治性手术后的患者5 年生存率也仅为25%[2-3]。迄今,胰腺癌的病因和确切的分子机制尚不清楚,可能涉及多个基因的表达异常。因此,寻找胰腺癌的关键基因对于确立早期诊断、预后标志物和治疗新靶点至关重要。近年来,随着高通量技术的发展,基因芯片和基因测序的运用已成为研究肿瘤疾病必要且高效的方法。如今各大数据库中拥有丰富的基因检测和分析结果,但缺少精确、有效的数据挖掘。本研究利用生物信息学方法对胰腺癌与癌旁正常组织进行差异表达基因筛选并深入分析,旨在为胰腺癌寻找到特异的肿瘤分子标志物和药物治疗靶点。
1 材料与方法
1.1 基因芯片数据信息来源 从NCBI-GEO数据库(https://www. ncbi. nlm. nih. gov/geo)中下载3 个胰腺癌芯片,即GSE71989、GSE62165、GSE62165,分别包含胰腺癌组织13、118、15例,癌旁组织8、13、7例。
1.2 胰腺癌与癌旁组织差异表达基因及共表达差异基因的筛选 通过GEO2R在线工具,以|logFC|>2 且校正P<0.05 的基因为差异表达基因,其中logFC>2 为上调,logFC<-2 为下调,定义胰腺癌与癌旁组织中的差异表达基因。……
